Первоначально церковь устроена в 1741 году на втором этаже бывших Кикериных палат в Большом зале; освящена в 1743 году. В 1801 году полк переехал в дом Гарновского у Измайловского моста, там же обосновалась и церковь. В 1807 году перенесена в казармы у Поцелуева моста на реке Мойке где и находилась до появления нового отдельного храма. Новая церковь была заложена в 1844 году по проекту архитектора К.А.Тона. Окончательно построена и освящена в 1849 году. Каменная, трехпрестольная. Декретом СНК от 23 января 1918 года «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» церковь лишена прав юридического лица, а имущество ее подлежало национализации.

Метрические книги (1767-1832 гг.); исповедные книги (1818-1819; 1825-1826 гг.); книги брачных обысков (1792-1845 гг.); брачные документы (свидетельства о разрешении на вступление в брак; свидетельства об исповеди и причастии; паспорта и др.(1803-1823 гг.).

Имеется опись книг архива Благовещенской церкви 2-го Балтийского флотского экипажа за 1917-1918 гг. (д. 13).