Учреждена высочайшим указом от 26 июня 1808 г. в связи с разделением существовавшей ранее Александро-Невской академии на Духовную академию, Духовную семинарию и Александро-Невское Антониевское духовное училище. В задачи Академии входило духовное образование и подготовка к занятию высших духовных должностей, распространение знаний среди духовенства, управление духовными семинариями и училищами, цензура духовных сочинений. Открыта 17 февраля 1809 г. В 1913 году получила название «Императорская». Находилась в ведении Синода и епархиального архиерея. Передана в ведение Народного комиссариата просвещения постановлением Народного комиссариата просвещения от 11 декабря 1917 г. Ликвидирована на основании декрета СНК от 20 марта 1918 г.

Высочайшие указы (1828; 1832; 1839 гг.); указы и предписания Синода (1839–1917 гг.). Переписка об открытии (1808–1809 гг.); проекты уставов и уставы Академии (1810–1811; 1867; 1869; 1881; 1910; 1917 гг.); приказы и распоряжения ректора Академии (1841–1842; 1905; 1913–1918 гг.); документы о церемониале встречи патриарха Тихона; доклады о проблемах существования Академии в связи с революцией (1918 г.).

Журналы заседаний правления (1809–1852; 1870–1917 гг.), конференции (1833; 1840–1854; 1864–1867 гг.) и совета Академии (1869–1888; 1901–1918 гг.).

Годовые отчёты (1822–1828; 1838–1839; 1872; 1877–1915 гг.); «краткая записка о состоянии Академии» (1856 г.); документы о выделении средств на содержание Академии, духовных училищ и семинарий; сметы доходов и расходов Академии (1824–1844; 1906–1915 гг.); главные книги (1906; 1908 гг.); приходо-расходные книги (1810–1822 гг.); опись имущества (1823–1827 гг.); планы вестибюля и лестницы; фотография здания Академии (б/д).

Переписка о почётных членах Академии (1885–1918 гг.); отчёты о научных командировках служащих (1829; 1864; 1878–1880; 1908–1911 гг.); документы о защите диссертаций и присвоении учёных степеней; отзывы о диссертациях и трудах преподавателей (1837–1918 гг.).

Правила приёма (1885; 1910–1911 гг.); учебные программы, переписка о введении новых предметов и курсов; расписания занятий, отчёты о предметах, преподаваемых в Академии (1810–1919 гг.); программы и расписания экзаменов, экзаменационные ведомости, табели абитуриентов и студентов, классные журналы, конспекты лекций (1816–1918 гг.); расписания практических занятий студентов, переписка о назначении студентов для чтения проповедей (1877–1907 гг.); переписка о распределении выпускников по месту службы (1837–1917 гг.).

Документы об открытии, деятельности и ликвидации Комиссии духовных училищ С.-Петербургского духовно-учебного округа (1809; 1824; 1832–1840 гг.); проект устава духовных семинарий (1822 г.); переписка об открытии и объединении училищ и семинарий; журналы собраний правлений, отчёты, сметы, приходо-расходные книги (1817–1916 гг.).

Отчёты о состоянии миссионерского отдела Академии, о деятельности Пекинской и Японской миссий Академии (1856–1890 гг.); ведомости о сочинениях, рассмотренных в С.-Петербургском Комитете духовной цензуры (1851; 1855–1856; 1864 гг.).

Журналы собраний С.-Петербургского епархиального попечительства о бедных духовного звания (1848–1849; 1876–1887; 1906–1915 гг.); переписка о содействии открытию Публичной библиотеки в Москве (1862 г.); об участии Академии в заседаниях Археографической комиссии при С.-Петербургском Университете (1885 г.), Русского археологического общества (1896 г.), в археологических съездах (1879; 1890; 1899; 1908 гг.) и в Международном психологическом съезде (1905 г.); переписка о праздновании юбилеев Академии (1909; 1914 г.).

Ведомости поведения студентов (1810–1901 гг.); переписка о запрещении приёма студентов, участвовавших в агитационной деятельности (1881; 1884 гг.); донесение ректора петербургскому митрополиту о студенческих сходках (1908 г.); переписка о введении в духовных семинариях курса «Обличение социализма» (1909 г.).

Книги учёта и ведомости на выдачу жалованья, пенсий и пособий (1809–1918 гг.); формулярные списки служащих (1822–1919 гг.); книги личного состава, ведомости и списки служащих (1809; 1818–1915 гг.); удостоверения, аттестаты и дипломы профессоров (1891–1918 гг.); личные дела служащих (1842–1911; 1918 гг.).

Документы по личному составу студентов и посвящении их в сан (1810–1917 гг.); списки абитуриентов, студентов, экстернов, выпускников (1813–1918 гг.); дипломы выпускников (1875–1917 гг.); личные дела студентов (1864; 1882–1920 гг.).