Зеленецкий Троицкий мужской монастырь (или Мартириева Зеленая пустынь) основан в 1564 году иноком Тихвинского Успенского монастыря Мартирием при поддержке и покровительстве царя Федора Иоанновича на правом берегу реки Рассохи (бассейн р. Сясь) на возвышенной местности в окружении болот Зеленецкие Мхи. Первоначальные постройки монастыря рублены из дерева и окружены деревянной оборонительной оградой. Участие в строительстве принимал богатый новгородский купец Федор Дмитриевич Сырков.

В 1612–1613 гг. монастырь сожжен и разграблен шведами. Восстановлен в 20-е – 30-е гг. XVII в. благодаря покровительству царя Михаила Федоровича и стараниями Новгородского митрополита Корнилия, бывшего инока Зеленецкого монастыря. В 1624 году жалованной грамотой за монастырем закреплены окрестные земли и крестьяне, освобожденные от государственных податей, что способствовало улучшению экономического положения монастыря. В период управления монастырем архимандритом Корнилием в начале 1680-х гг. в обители развернулось обширное каменное строительство: в 1683 году освящен Благовещенский храм, в 1684 – Троицкий собор, в 1686 году окончено строительство колокольни; одновременно возведено 4 жилых корпуса и каменная монастырская ограда. Были осушены ближайшие болота вокруг монастыря и построено две дороги, связывавшие обитель с Тихвином и Новгородом. Монастырь был снабжен всей необходимой утварью и церковными книгами.

С 1698 года монастырь относился к Новгородскому архиерейскому дому, лишившись самостоятельности, а вместе с тем и части имущества, приписных обителей, своих сел и деревень. В монастыре осталось всего 10 работников.

В 1762 году Зеленецкий монастырь получил самостоятельность, был выведен за штат и оставлен на собственном содержании без казенного жалования. В 1771 году монастырь передан из Новгородской епархии в С.-Петербургскую и возведен в 3-й класс. Ввиду удаленности монастыря от столицы и прочности ограды он был назначен местом ссылки для церковного покаяния по епархии, а также для помещения душевнобольных. В том же году в Зеленецкий монастырь переведены монахи из упраздненного Староладожского Николаевского монастыря, которые находились там до 1811 года. Руководство монастырем осуществляли архимандриты. Монастырь пострадал от сильных пожаров в 1747, 1765, 1790 гг., когда огонь уничтожил ряд древних икон и книг.

На территории монастыря располагались следующие постройки:

- собор Святой Живоначальной Троицы – главный храм обители устроен в 1565 году, первоначально деревянный; в 1684 году на его месте возведено массивное каменное, пятиглавое, четырехстолпное сооружение, поставленное на подклет со сводчатыми перекрытиями; в 1773 году в нижний этаж перенесена церковь св. апостола Иоанна Богослова, где устроен одноименный придел; в 1886 году по проекту архитектора И.С. Носкова построена паперть; в 1913 году здание собора отремонтировано; в нижнем этаже собора покоились основатель монастыря преподобный Мартирий (+1603 г.) и митрополит Корнилий (+1698 г.); закрыт в 1932 году;

- церковь Благовещения Пресвятой Богородицы – устроена в 1565–1570 гг., первоначально деревянная, домовая; в 1680 году заложена новая каменная трапезная палата с Благовещенской церковью; окончательно построена и освящена в 1683 году; закрыта в 1932 году;

- церковь Тихвинской иконы Божией Матери – устроена до 1620 года; упразднена в конце XVII века;

- церковь св. апостола Иоанна Богослова – надвратная, устроена в конце XVII века; в 1773 году перенесена в нижний этаж Троицкого собора, где устроен придел во имя Иоанна Богослова;

- колокольня – восьмигранная трехъярусная, завершавшаяся деревянным шатром с главкой построена в 1686 году; располагалась к юго-западу от Троицкого собора, соединялась с ним и Благовещенской церковью крытыми переходами на столбах, разобранными в XVIII столетии; в 1-й половине XIX века навершие колокольни заменено куполом со шпилем;

- келейные корпуса монастыря – 4 обширных каменных флигеля, возведенные в 1680-х гг. для жительства монашествующей братии;

- ограда – первоначальная деревянная ограда в 1684 году заменена массивной каменной, с 4-мя небольшими восьмигранными башнями по углам и 3-мя воротами;

- святые врата – устроены архимандритом Кириллом около 1831 года из малых простых ворот, которые вели к хозяйственным строениям.

В 1815–1834 гг. проводился ремонт обветшавших монастырских зданий и работы по благоустройству территории: исправлена местами обвалившаяся монастырская стена, сооружены контрфорсы – подпорки для поддержки зданий; в Благовещенской церкви установлен новый иконостас; в Троицком соборе возведены своды на паперти и под ризницей. В 1853 году над погребением преподобного Мартирия в Троицком соборе установлена серебряная рака. В 1901–1902 гг. произведен капитальный ремонт всех строений в монастыре. В 1904–1906 гг. обновлены стенная роспись и иконостас в Троицком соборе, покрыты позолотой кресты на главах собора, на колокольне, на святых вратах и двух монастырских часовнях. В 1912 году над погребением святителя Корнилия в Троицком соборе установлена мраморная рака.

Декретом СНК от 23 января 1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» монастырь лишался прав юридического лица, его имущество подлежало национализации. Монастырские храмы были зарегистрированы верующими как приходские, большая часть монастырских земель перешла сельскохозяйственной коммуне «Восход», часть земель была распределена среди населения соседних деревень. В 1922 году из монастыря была изъята ценная церковная утварь. Окончательно закрыт в 1937 году.

Монастырский комплекс находится под охраной государства как памятник архитектуры.

Высочайшие указы в Зеленецкий Троицкий монастырь о владении монастырем рыбными ловлями (1728 г.), о назначении опекунства над имуществом умершего сержанта Филата Качалова в Рождественско-Сясьском погосте (1798 г.); ведомости о монастырском хозяйстве и имуществе, о числе монашествующих, послушников и содержащихся в монастыре лицах (1707; 1733–1736; 1739; 1897 гг.); главная церковная и ризничная опись монастыря (1856 г.); послужной список настоятеля и братии монастыря (1897 г.).

Имеются выписи XVIII века из межевых и отказных книг монастыря за 1693–1694 гг., выписи из писцовых книг о монастырских вотчинах за [конец XVII века].

Часть документов фондообразователя находится в составе фонда 857 – Староладожский Николаевский заштатный мужской монастырь.