Учреждена 19 октября 1894 г. на базе С.-Петербургского естественно-исторического музея по инициативе П.Ф. Лесгафта. Находилась в ведении Министерства народного просвещения.

Передана в ведение Народного комиссариата просвещения на основании декрета СНК от 5 декабря 1918 г.

Устав (1893 г.) и протоколы заседаний Совета музея (1893–1894 гг.); переписка П.Ф. Лесгафта с Министерством просвещения и Министерством финансов об учреждении лаборатории, утверждении ее устава (1894 г.).

Протоколы заседаний Совета (1894–1915 гг.) и правления лаборатории (1894–1915 гг.); отчеты о деятельности лаборатории (1895–1897 гг.); годовая смета (1895 г.).

Журналы заседаний Высших курсов П.Ф. Лесгафта по вопросам преподавания на основном и историческом отделениях (1913–1917 гг.); протоколы заседаний (1917–1918 гг.) и постановления правления Курсов по учебной и хозяйственной частям (1915–1916 гг.); протоколы соединенного заседания Педагогического и Попечительного советов курсов, Совета биологической лаборатории и факультета народного образования при институте им.П.Ф. Лесгафта (1916–1918 гг.).

Переписка об оценке недвижимого имущества, принадлежащего лаборатории (1918 г.); план участка (б/д); прошения разных лиц о зачислении в лабораторию в качестве преподавателей; о допуске к практическим занятиям; переписка лаборатории с научными учреждениями об обмене литературой и по другим вопросам.