Католики – флотские служители и члены их семей – жили в Кронштадте ещё с XVIII века. Однако численность их была невелика, и своей церкви они не имели. Только с переводом в Кронштадт из Петербурга Морского кадетского корпуса оформилась католическая община, и в 1798 году устроена и освящена в здании Морского кадетского корпуса каплица во имя св.ап.Павла.

В 1832 году заложено новое каменное здание церкви по проекту архитектора Э.Х.Анерта. Построена в 1843 году; освящена в 1850 году как военно-морская римско-католическая церковь свв.апп. Петра и Павла. В 1918 году католическая церковь потеряла статус военно-морской и стала приходской (церковь свв.апп.Петра и Павла).

Постановлением НКЮ от 18.08.1918 года «О порядке проведения в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» независимо от конфессии» церковь была лишена прав юридического лица, а имущество её подлежало национализации. Закрыта в 1930 году.

Метрические книги за 1917-1919 гг.