Церковь при Гатчинском городском госпитале первоначально устроена в 1796 году по указу императора Павла I и освящена как церковь святителя Николая Чудотворца. Размещалась в верхнем деревянном этаже здания госпиталя. Предназначалась для лиц, служащих и призреваемых в госпитале. Со временем здание госпиталя стало тесным для размещения больных. Встал вопрос и о расширении здания церкви. Кроме того, в связи с отсутствием в Гатчине приходского храма (кроме придворной церкви Святой Троицы, устроенной в 1799 году), госпитальную церковь стали посещать обыватели города.

В 1820-1821 годах по повелению императрицы Марии Федоровны началась перестройка здания госпиталя, а вместе с ним и церкви. Каменное здание было пристроено к лицевой стороне госпиталя по проекту архитектора А.Е. Штауберта. Окончательно устроена и освящена в 1822 году в честь Святого апостола Павла. Состояла в ведении епархиального начальства и «содержалась пособием от казны и доходами от богомольцев».

В 1888 году образовано особое «центральное» учреждение – Инспекция врачебной части Министерства императорского Двора. Гатчинский городской госпиталь стал именоваться Гатчинским госпиталем Дворцового ведомства с непосредственным подчинением местному дворцовому правлению. Церковь также перешла в ведомство Гатчинского дворцового правления.

Ремонтировалась в 1844; 1853-1854; 1876 и 1884 гг.

Декретом СНК от 23 января 1918 года «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» церковь была лишена прав юридического лица, а имущество ее подлежало национализации. Закрыта в 1924 году.

Указы С.-Петербургской духовной консистории (1836-1842 гг.); предписания и распоряжения благочинного, Гатчинского городового правления (1806-1842 гг.).

Клировые ведомости (1837, 1838, 1840, 1843, 1844, 1845 гг.); статистические ведомости о состоянии церкви и причта (1838-1839 гг.); главная и дополнительная церковная и ризничная описи (1853 г.); опись церковного имущества (1871 г.).

Книги прихода (1877-1894 гг.) и расхода (1812-1855; 1877-1903 гг.) денежных сумм церкви; книги входящих документов (1806-1842 гг.).