Деревянная церковь во имя Святителя Николая Чудотворца устроена в 1700 году при Высокоезерской Макарьевской пустыни на берегу озера Кривозеро строителем пустыни Савватием «с братией». Относилась к обители вместе с церковью Обновления Храма Воскресения Христова, построенной в 1670 году. В 1764 году пустынь упразднена и церкви стали приходскими. На основании указа Олонецкой духовной консистории от 30 ноября 1849 г. обветшавшая церковь Обновления Храма Воскресения Христова разобрана. В 1851 году вместо нее к паперти Николаевской церкви пристроен придел, освященный также во имя Обновления Храма Воскресения Христова.

В 1881 году рядом с прежним ветхим зданием Николаевской церкви на средства благотворителей построена новая деревянная с колокольней церковь. Также освящена во имя Святителя Николая Чудотворца. Прежняя церковь была приписана к вновь построенной и находилась с ней в одной ограде. Богослужение в ней проводилось один раз в год – 13 сентября, в престольный праздник. Церковь капитально ремонтировалась в 1900 и 1908 годах.

К церкви было приписано 6 часовен: деревянная во имя Преподобного Макария Египетского на берегу Высокого озера, построена в 1898 г. в память о дне коронования Николая II, вместо пришедшей в ветхость древней часовни; деревянная с колокольней во имя свт. Николая Чудотворца при д. Сарги-Ивановской; деревянная с колокольней во имя Св. Живоначальной Троицы при д. Новый Наволок; деревянная с колокольней во имя вмц. Параскевы Пятницы при д. Мартыновской; деревянная во имя Св. пророка Ильи при д. Астафьевской; деревянная с колокольней во имя Успения Божией Матери при д. Тукшезеро. При храме действовала церковно-приходская школа.

Декретом СНК от 23 января 1918 года «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» церковь была лишена прав юридического лица, а имущество ее подлежало национализации. Точная дата закрытия церкви не установлена. По документам фонда последние сведения о ее деятельности относятся к 1918 году.

Клировые ведомости (1893; 1901–1907; 1909; 1912–1916 гг.); исповедные росписи (1828–1857; 1901–1915 гг.); алтарные тетради для записи причащавшихся и исповедовавшихся прихожан церкви (1900–1903 гг.); ведомости (1901–1914 гг.) и реестры к исповедным росписям о прихожанах, не бывших на исповеди (1903; 1905; 1906; 1908–1910 гг.); свидетельства о разрешении на вступление в брак, свидетельства об исповеди и причастии, копии паспортных книжек и др. брачные документы разных лиц (1886–1916 гг.).

Дневник церковных богослужений (1901–1909 гг.); книги прихода (1824–1861; 1901–1903; 1907–1909; 1913–1918 гг.) и расхода денежных сумм церкви (1817–1826; 1830–1861; 1901–1903; 1907–1918 гг.); годовые приходо-расходные ведомости церкви (о денежных суммах, о свечных доходах, о пожертвованиях и др.; 1902–1906 гг.).