Сын крестьянина дер. Ящеры Лужского уезда Петербургской губернии. В 1875 году обучался в частной школе в дер. Ящеры. В 1878 году окончил Гатчинскую учительскую семинарию и удостоен звания учителя начальных училищ. После окончания семинарии преподавал в Солецком училище (с. Сольцы Новоладожского уезда). В 1880 году назначен заведующим образцового Мучихинского училища (дер. Мучихино Шлиссельбургского уезда). С 1878 года ревизор Контроля сборов Николаевской железной дороги, с 1886 года – младший ревизор Департамента железнодорожной отчетности Государственного контроля. С 1892 года – сотрудник Петроградского археологического института, хранитель музеев М.И. Глинки и А.Г. Рубинштейна.

В 1899 году поступил слушателем в петербургский археологический институт. В 1901 году удостоен звания сотрудника Петербургского археологического института. В 1918 году состоял на службе в железнодорожном отделе при коллегии Государственного контроля. В 1918 году эвакуировался из Петрограда в Москву.

Жена Елена Антоновна Кириллова, дочь крепостных М.И. Глинки.

Личные документы В.М. Афанасьева: свидетельства об окончании школы, Гатчинской учительской семинарии и С.-Петербургского археологического института (1875–1901 гг.); благодарности, вынесенные ему Шлиссельбургским училищным советом и крестьянами Мучихинского сельского общества Путиловской вол. Шлиссельбургского у. (1883–1884 гг.); прошения об устройстве на работу, удостоверения о службе и командировках, справки о прохождении службы (1884–1918 гг.); свидетельства и удостоверения на право свободного жительства в С.-Петербурге и Москве (1885; 1918 гг.); письма разных лиц В.М.Афанасьеву (1882–1884 гг.).

Личные документы Е.А. Кириловой (Афанасьевой): свидетельство о крещении (1863 г.); билеты, удостоверения, заявления (1890; 1930–1932 гг.).

Переписка Л.И. Шестаковой (сестры композитора М.И. Глинки) с В.Н. Штрикхом, А. Кириловы, Ф. Годзимовским и другими по вопросу устройства В.М. Афанасьева на службу в Департамент железнодорожной отчетности Государственного контроля (1891–1896 гг.).