Образован в 1780 году на основании акта «Учреждения для управления губерний Всероссийской империи» от 7 ноября 1775 года. Являлся судом первой инстанции для городского населения С.-Петербурга и выполнял некоторые административные функции по ведению списков городского населения и взиманию налогов.

Апелляционной инстанцией для магистрата до 1796 г. являлся С.-Петербургский губернский магистрат, в 1796–1798 гг. – С.-Петербургская палата суда и расправы. В 1798 году упразднен и восстановлен в 1802 году под апелляцией С.-Петербургских палат уголовного и гражданского суда. Ведомство магистрата распространялось на все уголовные и гражданские суда городских обывателей купеческого, мещанского и других податных сословий, а также тяжбы по торговым договорам и обязательствам.

Прекратил свое существование на основании «Правила об упразднении магистратов и судебных ратуш», утвержденных 13 апреля 1866 г., в связи с ведением в С.-Петербургской губернии судебной реформы 1864 г. Административные функции магистрата перешли к органам городского общественного управления г. С.-Петербурга, судебные – в ведение мировых судей и С.-Петербургского окружного суда.

Журналы и протоколы заседаний городового магистрата (1780–1790 гг.); судебные дела о привлечении к ответственности за кражи, изготовление фальшивых ассигнаций, принадлежность к секте скопцов (1784; 1790–1792; 1841–1850 гг.); о рассмотрении имущественных споров и тяжб, разделе наследства, взыскании денег по векселям и долговым обязательствам (1772–1804; 1836 гг.).

Книга записи слуг и работных людей Адмиралтейской части (1785 г.).

Имеется лавочная книга неустановленного владельца за 1798 год.