Образован в 1780 году в связи с введением в С.-Петербургской губернии «Учреждений для управления губерний Всероссийской империи» от 7 ноября 1775 г. в качестве судебной инстанции для жителей г. Шлиссельбурга. В его ведении имелись некоторые административные функции, в т.ч.: взимание налогов с недвижимого имущества, ведение списков местных купцов и мещан, разделение ремесел на цехи и некоторые другие.

Апелляционной инстанцией для магистрата до 1796 г. являлся С.-Петербургский губернский магистрат, в 1796–1800 гг. – С.-Петербургская палата суда и расправы. В 1800 году магистраты и ратуши С.-Петербургской губернии перешли в ведение С.-Петербургского городового правления («Ратгауза»). С 1802 года апелляционной инстанцией для магистрата стала С.-Петербургская палата уголовного и гражданского суда.

Ведомство магистрата в качестве суда первой инстанции распространялось на все уголовные и гражданские суда городских обывателей купеческого, мещанского и других податных сословий, а также тяжбы по торговым договорам и обязательствам. При магистрате функционировали сиротский и словесный торговый суды.

Прекратил свое существование на основании «Правила об упразднении магистратов и судебных ратуш», утвержденных 13 апреля 1866 г., в связи с ведением в С.-Петербургской губернии судебной реформы 1864 г. Административные функции магистрата перешли к органам городского общественного управления г. Шлиссельбурга, судебные – в ведение мировых судей и С.-Петербургского окружного суда.

Указы Главного магистрата, С.-Петербургского губернского правления, губернского магистрата, казенной палаты и судебных палат (1780–1797 гг.); определения, журналы и протоколы заседаний магистрата (1781–1800 гг.).

Переписка с С.-Петербургским губернским правлением, казенной палатой, губернским магистратом и другими учреждениями по административным, финансовым и хозяйственным вопросам, в т.ч.: об открытии Шлиссельбургских нижнего земского суда, уездного казначейства, дворянской опеки и других уездных учреждений; передаче в ведение магистрата делопроизводства и имущества бывшего Шлиссельбургского от купечества братского двора; введении нового городского управления; ассигновании средств на содержание магистрата и городских учреждений, предоставлении им помещений (1780–1809 гг.); об избрании на должности бургомистра, членов магистрата, городского старосты, словесных судей, сборщиков податей и др. должностных лиц, списки членов магистрата (1780–1800 гг.); списки купцов и мещан, служивших по выборам с 1771 по 1794 гг.; о причислении разных лиц к городскому купечеству и мещанству, сведения о населении г. Шлиссельбурга, ревизские сказки жителей города, ведомости о лицах, вернувшихся из–за границы и причисленных к городским сословиям(1782–1802 гг.); о рекрутских наборах (1785–1798 гг.); о сдаче на откуп подрядов на строительные работы, торговлю вином и солью и аренду торговых помещений, ревизии казенных соляных магазинов, устройстве ярмарок, ремонте городских зданий и сооружений и т.д. (1781–1799 гг.); о взыскании с городских жителей разных податей, сборов и недоимок, об объявлении купцами своих капиталов (1781–1802 гг.).

Статистические сведения, ведомости и переписка с С.-Петербургским губернским правлением, казенной палатой и шлиссельбургским городничим о торговых оборотах, финансах, занятиях населения и ценах на продовольствие, фураж, строительные материалы и другие товары (1780–1800 гг.).

Судебные дела о привлечении к ответственности и наложении штрафов на городских жителей за различные преступления и правонарушения, об утверждении купчих на дома и земельные участки (1780–1800 гг.); книги записи поручительств и опротестованных векселей (1780–1801 гг.); книги записи договоров, контрактов и условий (1783–1800 гг.); книга записи домов, строений и земельных участков (1785 г.).

Окладные и приходо-расходные книги разных податей, сборов и пошлин (1784–1799 гг.); алфавитные списки для уплаты «сорокоалтынного» и почтового сборов (1790–1793 гг.).

Докладной реестр магистрата за 1787 год.