В 1895 году образовано «С.-Петербургское портовое управление». Возглавлял его капитан над С.-Петербургским портом, который одновременно являлся управляющим С.-Петербургской речной полицией. Управление осуществляло административно-полицейское заведование портом. Его деятельность контролировалась С.-Петербургским особым по портовым делам присутствием.

С 1902 года управление называлось «Управление С.-Петербургского торгового порта». Была изменена структура Управления: его отныне возглавлял особый начальник С.-Петербургского торгового порта, а в его состав включено присутствие по портовым делам.

До 1902 года торговые порты находились в ведении Министерства внутренних дел. В июле 1902 г. заведование ими передано в Министерству финансов, а в ноябре того же года – Главному управлению торговым мореплаванием и портами. С 1905 года порты находились в ведении Министерства торговли и промышленности.

Во время Первой мировой войны Петроградский торговый порт оказался блокированным, а его деятельность практически парализованной. В декабре 1917 г. заведование портом передано «Управлению Петроградским торговым портом». Оно состояло из комитета по портовым делам, капитана порта, заведующего работами в порту и штата служащих. Находилось в ведении Народного комиссариата торговли и промышленности РСФСР, а с марта 1918 г. – ВСНХ РСФСР.

Циркуляры и распоряжения Главного управления торгового мореплавания и портов, Отдела торговых портов и торгового мореплавания Министерства промышленности и торговли (1902–1917 гг.); журналы Комитета по портовым делам (1904–1915 гг.); документы о реорганизации Комитета (1917–1918 гг.).

Положение об устройстве С.-Петербургского портового управления (1895 г.); переписка о реорганизации Управления и его переходе из ведения Министерства внутренних дел в ведение Министерства финансов (1901–1902 гг.); проект уложения о торговом мореплавании (1904 г.); переписка о пересмотре положений об управлениях приморскими торговыми портами (1908–1910; 1917–1918 гг.); документы совещаний начальников портов о практике портовых управлений, об открытии новых портов и организации управлений (1913–1920 гг.).

Докладные записки начальника порта; приказы по порту (1902–1917 гг.); протоколы и журналы заседаний присутствия по портовым делам (1902–1915 гг.);циркуляры по составлению годовой отчетности порта (1909–1914 гг.); годовые отчеты (1902–1917 гг.). Переписка о составлении эксплуатационного очерка порта (1909–1913 гг.); об изменении флага и печатей Управления (1902–1918 гг.); годовые сметы (1904; 1912–1918 гг.); хозяйственные планы, программы и проекты строительства порта (1904–1908; 1912–1917 гг.); ведомости доходов и расходов; переписка о выделении кредитов на устройство порта (1897–1917 гг.); документы по взиманию корабельного сбора и разнообразных пошлин (1907–1914 гг.).

Документы об определении границ порта (1902–1904; 1912–1916 гг.); переписка о распределении территории порта между железнодорожным и портовым ведомствами (1905–1914 гг.); о составлении плана порта (1908–1912 гг.); о недвижимом имуществе порта (1904–1911 гг.).

Документы о приобретении земельных участков для нужд порта (1903–1913 гг.); переписка о сдаче в аренду земельных участков, складов, элеваторов, холодильников и промыслов, расположенных на территории порта, о возведении арендаторами построек и сооружений, об эксплуатации железной дороги в порту, о работе биржевых артелей, уставы и отчеты артелей, правила пользования портовыми землями и сооружениями (1902–1920 гг.).

Документы по вопросам навигации, торговли; о производстве строительных работ, постройке верфей, мостов, эллингов, складов, элеваторов и т.д. (1902–1920 гг.); о судоходстве в портовых водах (1902–1917 гг.); о порядке движения судов (1910–1917 гг.); о закрытии судоходства в момент прохождения военных судов и императорских яхт (1912–1916 гг.); переписка с Порайонным комитетом о перевозке грузов железными дорогами (1910–1916 гг.); об учреждении Временного распорядительного комитета по водным перевозкам (1916 г.). Временное положение об управлении грузовыми перевозками в Балтийском море (1917 г.).

Документы о введении военно-судовой повинности, о реквизиции плавучих средств частных владельцев и грузов; списки судов (1912–1918 гг.) и судовладельцев (1916 г.); переписка о потоплении судов и гибели пассажиров (1914–1916 гг.); документы об эвакуации в Петроград оборудования и служащих Виндавского, Рижского и Либавского портов (1915–1917 гг.); об эвакуации рабочих и служащих Петроградского порта в Мурманский и Архангельский порты (1916–1917 гг.).

Ведомости плавучих средств порта, пароходных обществ и судов, действовавших в портовых водах (1906–1916 гг.); ведомости судов, расположенных в районе, подведомственном начальнику порта, список подведомственных мест (1916–1917 гг.).

Циркуляры Гидрографического управления (1910–1918 гг.); уставы обществ С.-петербургских и кронштадтских лоцманов (1912–1913 гг.); переписка о лоцманской службе; отчеты о деятельности лоцманов (1895–1896; 1902–1918 гг.); документы деятельности обществ спасения на водах (1903–1906 гг.) и организации единого Общества спасения на водах (1910–1912 гг.).

Технические и санитарные правила осмотра судов (1903–1916 гг.); переписка об организации врачебной и санитарной помощи (1902; 1907–1917 гг.), приемного покоя при Российском обществе Красного Креста (1905–1914 гг.); документы о проведении в порту противоэпидемических мер (1905; 1907–1912; 1915–1917 гг.).

Переписка о происшествиях и авариях; о составлении протоколов и их передаче в суд (1902–1920 гг.); акты аварий и происшествий (1907–1913 гг.); документы о страховании судов (1903–1904 гг.).

Переписка о деятельности мореходных учебных заведений (1904–1910 гг.); документы об устройстве на территории порта начальной школы для детей служащих (1906–1914 гг.); об организации Лигой обновленного флота школ дальнего плавания (1908–1915 гг.); переписка об учреждении в Петрограде школы прапорщиков флота (1916–1917 гг.): документы о прохождении в порту практики студентами различных учебных заведений (1906–1917 гг.).

Документы о производстве испытаний на право вождения судов (1910–1917 гг.); переписка о составлении судовых ролей (1903–1906; 1908–1917 гг.); о судоводителях русского торгового флота (1902; 1904–1916 гг.); документы о выдаче дипломов на звания судоводителей и механиков торгового флота (1911–1913 гг.); книжек и удостоверений судоводителей для плавания на коммерческих судах (1912–1916 гг.); списки дипломов судоводителей (1907 г.).

Переписка об улучшении быта мореходов (1904–1916 гг.); ходатайства рабочих об улучшении условий (1905–1916 гг.); статья капитана 1-го ранга М. Бурхановского «К вопросу возрождения флота» (1911 г.); газетные заметки о деятельности порта (1905–1906; 1908–1909 гг.).

Документы об организации и деятельности таможенного надзора в порту, о принадлежащих портовой таможне зданиях и сооружениях (1895–1896; 1902–1908; 1912–1917 гг.); о надзоре за промыслами в порту, об организации портовой артели (1902–1906 гг.); о лихтерах порта (1902–1903 гг.).

Переписка об организации и деятельности полицейского надзора в порту, об увеличении штатов полиции; инструкции полицейским чинам (1895–1899; 1903–1916 гг.); об учреждении портового полицейского участка (1916–1917 гг.); списки полицейских (1898 г.); документы о проступках и наложении взысканий на рабочих и служащих; о жалобах частных лиц и учреждений на деятельность служащих (1905–1918 гг.); переписка об усилении надзора за иностранными подданными и их судами, о проверке подданства команд судов; о привлечении команд иностранных судов к судебной ответственности, об аресте судов, списки команд иностранных судов (1902; 1904–1905 гг.); об ограничении перехода русских судов под иностранный флаг (1915–1917 гг.).

Переписка по воинской повинности и мобилизации рабочих и служащих (1897–1908; 1914–1918 гг.); документы об увеличении продолжительности рабочего дня и введения ночных работ (1911–1914 гг.); рапорты начальника порта о забастовках рабочих в порту (1905–1906; 1911 гг.); переписка с петербургским градоначальником о введении военной охраны в порту в связи с забастовками (1905–1906 гг.); требования рабочих о сокращении рабочего дня, увеличении жалования и улучшений условий труда (1905–1907; 1911–1915 гг.); протоколы совещаний выборных от рабочих с представителями администрации порта по разбору требований рабочих (1906–1907; 1911 гг.); переписка о забастовках матросов судов (1909–1912 гг.); о принятии согласованных мер в случае забастовок (1911–1912 гг.).

Документы о выдаче жалования и наград (1902; 1904; 1906; 1909–1916 гг.); требовательные ведомости (1889; 1891–1893; 1895–1917 гг.); списки на выдачу жалования рабочим и служащим (1895–1898; 1902–1917 гг.); переписка об урегулировании расчетов с рабочими и служащими (1903–1915 гг.); о снабжении рабочих и служащих продовольствием (1916–1918 гг.).

Переписка о применении закона о вознаграждении пострадавших рабочих и служащих в порту (1908 г.); сметы расходов на выдачу пенсий и пособий (1908–1915 гг.); протоколы и переписка о несчастных случаях с рабочими и служащими (1907–1918 гг.); документы о выделении денежных пособий и пенсий пострадавшим (1906–1918 гг.); списки пострадавших (1908–1918 гг.); документы деятельности товарищеской кассы при Отделе торговых портов (1906–1911 гг.); переписка о вычетах в пенсионный и инвалидный капиталы (1905–1911 гг.).

Документы об участии служащих порта в деятельности Союза служащих Министерства торговли и промышленности, Союза моряков и речников торгового флота, о деятельности примирительной камеры, протоколы общих собраний рабочих и служащих (1917 г.); документы об организации охраны порта в годы революции (1917–1918 гг.).

Документы о приеме и увольнении рабочих и служащих (1897–1898–1920 гг.); переписка об изменении штатов служащих временного управления по постройке С.-Петербургского морского канала, особого присутствия по портовым делам и Управления (1874–1917 гг.); документы об аттестации рабочих и служащих (1891–1917 гг.); переписка о выборах в Государственную думу (1905–1912 гг.); удостоверения и свидетельства рабочих и служащих (1903–1917 гг.); регистрационные листы уволенных (1912–1917 гг.); табели рабочих (1886; 1895–1897; 1901; 1903–1905; 1910 гг.); списки рабочих и служащих (1899; 1910–1917 гг.); списки экипажей судов и портовых матросов (1903; 1906; 1909; 1915 гг.); личные дела служащих (1877–1918 гг.); личные дела пострадавших от несчастных случаев (1907–1919 гг.); личные дела пенсионеров (1906–1921 гг.).

Имеется годовой отчет Нарвского порта (1914 г.).