Приказом Петроградского отдела здравоохранения от 28 марта 1923 г. на базе Второй городской бактериологической лаборатории создан Бактериологической институт. Постановлением Петроградского губернского исполкома от 5 мая 1923 г. Бактериологическому институту присвоено имя Пастера.

В апреле 1931 г. Бактериологический институт им. Пастера присоединен к Институту экспериментальной медицины и перестал функционировать как самостоятельное учреждение.

Приказом Ленгорздравотдела от 28 октября 1932 г. самостоятельный институт восстановлен под названием Ленинградский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера.

Постановлением СМ СССР от 12 апреля 1952 г. институт переименован в Ленинградский научно-исследовательский институт эпидемиологии, микробиологии и гигиены им. Пастера.

Институт находился в ведении: Отдела здравоохранения Исполкома Ленгорсовета (1933-1952); Министерства здравоохранения РСФСР (1952–1971).

Основные направления деятельности: исследования в области микробиологии инфекций, инфекционной иммунологии, эпидемиологии инфекционных болезней; разработка вакцин; информационная, организационная и профилактическая противоэпидемическая деятельность.

В настоящее время – Федеральное государственное учреждение науки «СПб Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» Министерства здравоохранения и социального развития РФ.

Управленческая документация (УД)

Приказы, решения, циркуляры, указания, рекомендации, инструкции, директивы вышестоящих организаций (с 1948 г.). Проблемно-тематический план Министерства здравоохранения СССР (1954) и республиканские проблемно-тематические планы научно-исследовательской работы учреждений здравоохранения РСФСР (1954-1956). Приказы по институту (1963-1965). Планы, отчеты, сведения, справки, доклады, и другие документы о деятельности института, отделов и лабораторий. Протоколы и стенографические отчеты: совещаний заведующих отделами, научных конференций института, совместных совещаний с другими организациями, заседаний лабораторного совета, (с 1940 г.). Протоколы заседаний Ученого совета (с 1937 г.). Протоколы, заключения и другие документы конкурсных и аттестационных комиссий (с 1943 г.). Стенографический отчет заседания Ученого совета о перепрофилировании института (1957). Отчеты о научно-исследовательской работе (с 1933 г.). Статьи, рецензии, отзывы: Н.И. Амосенковой,

Л.М. Бойчука, А.Г. Григорьевой, А.Б. Дайтера, Н.С. Клячко, Э.М. Новгородской,

Н.Н. Рубеля, акад. АМН СССР А.А. Смородинцева, К.Н. Токаревича, Э.А. Фридман,

Л.Б. Хазенсонова, М.Г. Чахутинской и других специалистов (1949-1965). Доклад об острых кишечных заболеваниях в Ленинграде в 1948 г. (1948). Заключение по обследованию Архангельского института эпидемиологии и микробиологии (1949). Стенографический отчет лекции «Бактериологические средства поражения (1955). Переписка с вышестоящими организациями, с научными и другими учреждениями (с 1953 г.). Договор о научном содружестве с Ленинградским НИИ вакцин и сывороток (1959). Коллективные договоры (с 1959 г.). Приемо-сдаточные акты при смене руководства (1957, 1960, 1961). Акты ревизии финансово-хозяйственной деятельности (с 1949 г.). Акт об уничтожении и повреждении имущества при артобстреле (1943). Финансовые планы и отчеты (с 1937 г.). Сметы расходов (с 1939 г.). Штатные расписания (с 1936 г.) Список работников, представленных к награждению медалью «В память 250-летия Ленинграда» (1957). Протоколы заседаний месткома, отчетно-перевыборных собраний, собраний рабочих и служащих (1967-1971). Сметы, финансовые и статистические отчеты месткома. Отчет о работе профорганизации института и ее местного комитета (1966). Сведения об итогах смотра работы первичной организации Всесоюзного общества изобретателей и рационализаторов по институту (1965).

Научная документация (НД)

Отчеты по тематике: иммунологические и микробиологические показатели и характеристики инфекционных заболеваний; эпидемиологическая эффективность лечения, эпидемиологическая характеристика, диагностика и профилактика инфекционных заболеваний; изготовление, испытание, эффективность вакцин.

В числе документов: глава монографии В.И. Иоффе «Эпидемиологическая характеристика Ленинграда и оценка противоэпидемических мероприятий за годы Великой Отечественной войны и послевоенный период» (1956).

Представлены работы: И.М. Аншелеса, Г.И. Беседина, А.Г. Григорьевой,

А.Б. Дайтера, В.И. Иоффе, Н.С. Клячко, Э.М. Новгородской, Н.Н. Рубеля,

К.Н. Токаревича, Э.А. Фридман, М.Г. Чахутинской и других видных специалистов.