Созданная в 1894 году П.Ф. Лесгафтом Биологическая лаборатория в 1918 году преобразована в Государственный научный институт им. П.Ф. Лесгафта.

В 1935 году институт переименован в Государственный естественнонаучный институт им. П.Ф. Лесгафта.

Постановлением Президиума Академии наук СССР от 27 февраля 1957 г. институт расформирован.

Институт находился в ведении: Наркомата просвещения РСФСР (1917-1946), Академии педагогических наук РСФСР (1946-1956), Академии наук СССР (1956-1957).

Основные направления деятельности: исследования в области физиологии и строения живых организмов, физической химии (структуры высокомолекулярных органических соединений); в области астрономии; в области методик школьного преподавания и культурно-просветительной работы.

Управленческая документация (УД)

Приказы, постановления, циркуляры, распоряжения, директивы, инструкции вышестоящих организаций. Устав института (1920). Структура института (1924). Положения об институте (1946, 1947). Историческая справка (1937). Приказы по институту. Типовое положение о научно-исследовательских институтах (1929). Справка о деятельности института с 1918 г. по 1949 г. (1949). Планы, отчеты, обзоры, объяснительные записки, справки о деятельности института, его отделений и лабораторий. Заключение комиссии по выполнению плана НИР за 1949 г. Протоколы, стенографические отчеты заседаний научного и Ученого советов института. Протоколы общих собраний, производственных совещаний, заседаний хозяйственного комитета, совещаний администрации. Протоколы заседаний и другие документы по аспирантуре, по представлению к ученым званиям, по аттестации сотрудников. Протоколы, стенографические отчеты тематических научных сессий института. Тезисы научных докладов (1943, 1952-1953). Протоколы, тезисы докладов научных сессий, конференций, собраний посвященных памяти П.Ф. Лесгафта (1940, 1949, 1955). Документы (планы, отчеты) музея института. Отчеты и другие документы о командировках. Договоры о содружестве с другими учреждениями. Акт передачи института в ведение АПН РСФСР (1946). Акт и другие документы передачи института в ведение АН СССР (1956). Переписка с вышестоящими и другими организациями. Акты ревизии института вышестоящими организациями. Оттиски штампов и печатей (1928-1957), описи дел института (1918-1957). Акты об ущербе, причиненном институту немецко-фашистскими захватчиками (1943-1945). Докладная записка и другие документы к 50-летию института и юбилею Н.А. Морозова (1944), к 60-летию института (1952, 1954). Докладная записка о восстановлении обсерватории и музея института (1947). Стенограмма лекции

Г.Г. Ленгауэра «Происхождение Вселенной» (1947). Переписка и др. документы по составлению и изданию детской энциклопедии (1947). Фотографии видных ученых института за 1923-1948 гг. (1948). Отчеты о состоянии преподавания биологии в школах Ленинграда (1949). Отчеты о ходе учительских совещаний, о проверке выпускных и переводных экзаменов в средних школах (1950). Переписка и др. документы к тематическому плану издания «Педагогическая библиотека учителя» (1950). Проспекты пособий для учителей биологии средней школы, изданные институтом (1950). Доклад профессора А.А. Шибанова «Система естественнонаучного образования в школе» (1951). Стенографический отчет совещания по внедрению политехнизации в работу средних школ, совещания учителей биологии (1953). Стенографический отчет научной сессии, посвященной 100-летию А.А. Красуской (1954). Финансовые планы и отчеты. Сметы расходов. Штатные расписания. Списки, удостоверения, личные карточки, ведомости на выдачу заработной платы, сотрудников (1918-1956). Списки сотрудников, окончивших аспирантуру (1947-1956). Лицевые счета и списки жильцов дома по ул. Союза Печатников № 25-а (1922-1956). Личные дела сотрудников (1918-1957).

Научная документация (НД)

Отчеты, статьи по тематике: вопросы эволюции (дарвинизм), физиология растений, физиология животных и человека, зоология позвоночных, микробиология, биологическая морфология, экология, физическая химия, биохимия, астрономия, вопросы преподавания. Докторская диссертация А.А. Шибанова «Школа и сельское хозяйство» (1951). Отзывы и рецензии на научные работы сотрудников института.

Представлены работы: Л.Е. Аренса, Т.В. Аристовской, Л.П. Астанина,

В.В. Бунака, Э.Г. Вацуро, Н.В. Веселкина, А.А. Глаголевой, З.В. Денисовой,

Н.В. Зимкина, Е.Л. Кринова, П.И. Кургановского, Л.К. Лозина-Лозинского,

Ю.И. Полянского, Г.Л. Селибера, Ф.Д. Сказкина, Г.А. Тихова, М.А. Хеноха,

К.К. Чапского, Н.Н. Яковлева и других видных специалистов.