Организован в сентябре 1945 г. на основании постановления Совета Народных Комиссаров СССР от 1 июля 1944 г. для осуществления связи между правительством СССР и руководителями религиозных объединений: мусульманского, иудейского, буддийского вероисповеданий, армяно-грегорианской, старообрядческой, греко-католической, католической и лютеранской церквей и сектанских организаций по вопросам этих культов, требующим разрешения правительства. Ликвидирован в июне 1966 г. в соответствии с постановлением СМ СССР от 8 декабря 1965 г. № 1043 и слиянием с Уполномоченным Советом по делам православной церкви (ф. Р-9324) в Уполномоченный Совет по делам религии при СМ СССР (ф. Р-2017).

Основные функции: проводил наблюдение за правильным и своевременным проведением законов и постановлений правительства, относящихся к религиозным культам; представлял заключения по вопросам этих религиозных культов; информировал правительство и местные органы власти о состоянии религиозных культов, их положении и деятельности на местах; проводил общий учет церквей, молитвенных зданий.

Инструктивные письма Совета по делам религии культов при СНК СССР; доклады и отчеты о деятельности Уполномоченного; переписка с Советом и организациями о наличии действующих и недействующих молитвенных зданий, выявлении действующих-сектантов; документы по приему общественных иностранных религиозных делегаций; докладные записки в обком КПСС и органы власти о формах и методах религиозной пропоганды, Действующих религиозных общинах и незарегистрированных групп верующих, праздновании религиозных праздников, количестве верующих, по истории строительства буддийского храма в Петербурге, римско-католического прихода и духовных заведений в Российской империи (1953–1966); справки о Всемирном еврейском конгрессе (30 мая 1959 г.) и работе церковников среди молодежи (1959).