Совет по делам религий при Совете Министров СССР образован 8 декабря 1965 г. в соответствии с постановлением Совета Министров СССР № 1043 на основе ранее существовавших Совета по делам русской православной церкви при СМ СССР (Уполномоченный Совета по Ленинграду и Ленинградской области - ф. Р-9324) и Совета по делам религиозных культов при СМ СССР (Уполномоченный Совета по Ленинграду и Ленинградской области - ф. Р-9620), объединив и продолжив их деятельность.

На основании постановления Совета Министров СССР от 10 мая 1966 г. «Об утверждении положения о Совете по делам релий при Совете Министров СССР» выполнял следующие функции: осуществлял контроль за правильным применением и соблюдением законодательства о культах; оказывал помощь общественным комиссиям при органах власти в осуществлении контроля за соблюдением законодательства о культах; рассматривал заявления и жалобы граждан и решал в пределах своей компетенции иные вопросы, связанные с деятельностью организации.

Решением Леноблисполкома от 31 мая 1966 г. № 322 аппарат Уполномоченного Совета по делам культов по Ленинграду и Ленинградской области ликвидирован, а аппарат Уполномоченного Совета по делам русской православной церкви по Ленинграду и Ленинградской области реорганизован в аппарат Уполномоченного Совета по делам религий при СМ СССР по Ленинграду и Ленинградской области.

Законом РСФСР от 25 октября 1990 года «О свободе совести» (пункт 8) Совет по делам религий при СМ СССР упразднён.

Решением Леноблисполкома 4 февраля 1991 года № 37 упразднена должность Уполномоченного Совета по делам религий при СМ СССР. Этим же решением аппарат Уполномоченного преобразован в Отдел по связям с религиозными объединениями Ленинградской области с сохранением всех функций аппарата Уполномоченного (кроме контрольных и регистрирующих). Ведение секретного делопроизводства прекращено.

Совместным распоряжением мэра Санкт-Петербурга и главы Администрации Ленинградской области от 23 декабря 1991 года № 781-р/170-р Отдел по связям с религиозными объединениями Ленинградской области преобразован в Отдел по связям с религиозными объединениями Санкт-Петербурга и Ленинградской области (Отдел являлся структурным подразделением Мэрии Санкт-Петербурга, подчинялся непосредственно мэру города и губернатору Ленинградской области, деятельность отдела координировали заместитель Мэра - председатель Комитета по культуре и первый заместитель губернатора Ленинградской области, предусматривалось частичное финансирование деятельности Отдела из бюджета Администрации Ленинградской области). Штат Отдела состоял из трёх человек: начальник и два специалиста по культам 1 категории.

Совместным распоряжением мэра Санкт-Петербурга и главы Ленинградской области от 19 марта 1992 года № 269-р/192-р вновь сокращены функции Отдела (оставлены только информационные, экспертные и консультативные). Отдел по прежнему подчинялся непосредственно мэру города. Штат Отдела три человека: начальник и два ведущих специалиста.

В соответствии с Законом Санкт-Петербурга от 6 ноября 1996 года «О структуре Администрации Санкт-Петербурга» Отдел по связям с религиозными объединеними Сантк-Петербурга и Ленинградской области становится структурным подразделением Администрации Сантк-Петербурга с сохранением своих функций. Штат Отдела: начальник и два главных специалиста.

Переписка с Епархиальным управлением и организациями по делам религии; документы о пребывании иностранных церковных делегаций; сведения о деятельности церквей и сравнительные данные об их доходах, справка о характере проповедей, прочитанных в церквях Ленинграда

в 1969 г.; годовые отчеты о работе Уполномоченного за 1965–1985 гг.; документы православной общины Храма Спаса Нерукотворного Образа

на Конюшенной площади за 1990–1996 гг.