15 ноября 1932 г. в Казанском соборе был открыт Музей истории религии Академии наук СССР. Решение об учреждении музея принято на основании постановления президиума АН СССР от 7 сентября 1930 г. и секретариата ЦИК СССР от 26 апреля 1931 г. После ликвидации в декабре 1946 г. Московского антирелигиозного музея (ЦАМ) его фонды были переданы Ленинградскому Музею истории религии. Постановлением президиума АН СССР от 8 января 1954 г. музей получил название «Музей истории религии и атеизма». В соответствии с постановлением ЦК КПСС и СМ СССР от 3 апреля 1961 г. и распоряжением президиума АН СССР от 19 апреля 1961 г. музей перешел в ведение Министерства культуры РСФСР с 1 сентября 1961 г. В 1991 г. Казанский собор возвращен епархии и стал действующим, а экспонаты музея переданы образованному в 1990 г. Музею истории религии (Почтамтская ул., 14/5). Часть документов музея за 1931-1961 гг. хранится в СПб филиале Архива Российской академии наук.

Акт о вскрытии могилы М. И. Кутузова (4 сентября 1933). Документы деятельности Московского антирелигиозного музея (планы и отчеты, переписка, статьи сотрудников и др.) и о слиянии его с Ленинградским музеем истории религии (1934-1947). Приказы МК СССР и РСФСР, относящиеся к деятельности музея (1964-1975). Протоколы заседаний Ученого совета и секторов музея (1951-1976). Переписка с вышестоящими учреждениями, музеями, учебными заведениями, издательствами о приобретении и реставрации экспонатов, проведении экспедиций, научно-атеистической пропаганде. Планы и отчеты музея (1946-1976). Доклады, отчеты, письма и др. документы директора музея доктора исторических наук В. Д. Бонч-Бруевича (1948-1954). Индивидуальные отчеты и рукописи научных работ сотрудников музея (1943-1976). Справки об учете и хранении музейных ценностей и акты приема экспонатов (1961-1976). Экспозиционные планы выставок. Документы о реставрации Казанского собора (1958-1953, 1964). Списки научных сотрудников (1934-1939). Штатные расписания и финансовые отчеты (1955-1976).