Монастырь основан предположительно в 40-е гг. XIII в. году в память победы Александра Невского над шведами и посвящен Святителю Николаю Чудотворцу, архиепископу Мирликийскому. Первые упоминания о монастыре в летописях относятся к 1499 году. Располагался монастырь в селении Старая Ладога, на левом берегу реки Волхов. Находился в ведении Новгородской епархии. В 1611 году монастырь разорен и разрушен до основания шведскими войсками под командованием Якоба (Якова) Делагарди. Восстановлен в период с 1614 по 1695 гг. неким Антипой (в Никольском соборе монастыря существует придел во имя священномученика Антипы).

В 1714 году монастырь передан из Новгородской епархии в С.-Петербургскую и приписан к Александро-Невскому монастырю (лавре), архимандрит которой назначал в него настоятелей (строителей) из числа своей братии. В 1721 году произведен ремонт ветхих монастырских зданий (соборной церкви с папертью, святых ворот, келий, колокольни и проч.). На 1731 год в монастыре проживало 32 человека: строитель (настоятель), 7 монахов, 4 церковника, служитель, 6 наемных рыболовов, сторож, трапезный (он же истопник), скотник, коровница, колесник с сыном, 6 работников, 1 летний конюх.

В 1764 году монастырь вновь стал самостоятельным и был включен в число штатных монастырей 3-го класса с назначением в него настоятеля в сане архимандрита. В 1771 году монастырь упразднен; настоятель с братией переведены в Зеленецкий Троицкий монастырь; туда же передано и имущество монастыря. Угодья Николаевского монастыря переданы в ведомство Коллегии экономии.

В 1797 году новоладожские купцы и жители Старой Ладоги обратились к митрополиту С.-Петербургскому Гавриилу с ходатайством о возобновлении обители и получили высочайшее разрешение на восстановление монастырского храма Святителя Николая Чудотворца на средства просителей для отправления в нем богослужений. Богослужения начали проводится с 1805 года монашествующими Троицкого Зеленецкого монастыря.

Монастырь вновь восстановлен в 1811 году на правах самостоятельного, общежительного, заштатного монастыря. К нему причислены земли бывшего Староладожского Иванского монастыря и лесной дачи «Ширицы» Зеленецкого Троицкого монастыря. В монастыре проживало 7 человек монашествующих и такое же количество послушников.

В 1849 году указом С.-Петербургской духовной консистории штат братии монастыря увеличен – к нему причислены четыре монашеских вакансии от первоклассной Троицкой Сергиевой пустыни и четыре вакансии послушнических от Валаамского монастыря. На 1851 год штат Староладожского Николаевского монастыря составляли: настоятель в сане архимандрита, 5 иеромонахов, 3 иеродьякона, 2 монаха, 10 послушников. Сверх того, 16 человек разного рода на правах послушников; наёмные люди (в летнее время – 10 человек, в зимнее – 6 человек).

На территории монастыря располагались следующие постройки:

- собор Свт. Николая Чудотворца – точная дата постройки не установлена; предположительно, каменный храм первоначально устроен в 1241 году. Разрушен в 1628 году в результате набегов шведов на Ладогу. Восстановлен в XVII веке. От прежнего сооружения сохранились местами нижние части стен и столов. Работы по восстановлению собора были завершены к декабрю 1668 года. Древние формы собора были значительно изменены: появился подклет, здание стало двухэтажным. Каменный, четырехстолпный трехапсидный одноглавый собор с подцерковьем имел три придела: священномученика Антипа (возведен в XVII веке, предположительно на средства торговца Антипа Романовича Гиблого; в 1827 году перенесен в нижнюю церковь; обновлен в 1852 году); Тихвинской иконы Божией матери (пристроен к собору с северной стороны в 1695-1697 гг.; перестроен в 1826 году; разобран за ветхостью в 1910 году и вновь отстроен); Собора Пресвятой Богородицы (нижняя церковь с 1847 года). В связи с сооружением в конце 1690-х гг. придела Тихвинской иконы Божией матери (с северной стороны) и паперти (с западной стороны), Никольский собор изменил свой облик: северный и западный фасады были закрыты, появились малые главы и новое крыльцо с грушевидными колонками. В 1910-1913 гг. собор отреставрирован по проекту архитектора А.П. Аплаксина. Храм стал теплым, возведен новый придел, сделана новая паперть и ризница, вновь вызолочен иконостас. Древняя часть храма сохранена в прежнем виде со всеми архитектурными деталями. Закрыт в 1935 году.

- церковь Св. Иоанна Златоуста (в трапезной) – первоначально устроена до 1628 года; в 1815 году перенесена в здание собора. В 1859-1873 гг. по проекту архитектора А.М. Горностаева на месте ветхого храма XVII века сооружена новая каменная церковь Св. Иоанна Златоуста с приделом мученика Назария. Храм сочетал черты средневековой романской архитектуры (прямоугольный храм-базилика), готики (вытянутые стрельчатые окна, окно-розетка на фронтоне, украшенные витражами), русско-византийского стиля (луковичные маковки на крыше и тяжелое крыльцо с массивными бочковидными колоннами). Внутри стены храма расписаны на темы евангельских сюжетов в стиле академической живописи, с использованием византийского орнамента. Закрыта в 1935 году.

- колокольня – построена в 1692 году тихвинскими мастерами, располагалась между собором и церковью Св. Иоанна Златоуста. Каменная, восьмигранная с шатровым деревянным верхом; соединялась с собором и трапезной церковью деревянными переходами, крытыми тесом. На колокольне были установлены часы с боем, переданные в 1754 году в Александро-Невскую лавру. На колокольне располагались 10 колоколов, вес самого большого из них составлял 100 пудов. Его пожертвовал в 1864 году купец Алексей Голубков.

- каменная ограда – построена в 1834-1839 гг.; по углам четыре каменных башенки, в одной из которых располагалась часовня.

- каменные корпуса монастырских келий с хозяйственными службами – построены в 1812-1864 гг.; прилегают с северной и восточной сторон к каменной ограде.

В 1907–1908 гг. каменная ограда, башни, южные ворота и келейные корпуса перестроены по проекту архитектора Н.Н. Никонова.

Монастырю принадлежал ряд зданий, находившихся вне его ограды:

с 1811 года – церковь Рождества Иоанна Предтечи упраздненного Иванского Староладожского монастыря;

с 1818 года – часовня в Новой Ладоге;

с 1827 года – часовня в С.-Петербурге, устроенная петербургским купцом С. Тумановым;

скотный двор близ монастыря.

С 1811 года при монастыре действовало уездное училище для образования детей новоладожского духовенства и причетников. В 1869 году открыто училище «для поселянских детей», преобразованное в 1874 году в бесплатную школу для обучения детей окрестных крестьян.

Декретом СНК от 23 января 1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» монастырь лишался прав юридического лица, его имущество подлежало национализации. Закрыт в 1927 году. Комплекс зданий монастыря является памятником архитектуры федерального значения и охраняется государством.

Грамоты митрополита Великого Новгорода и Великих Лук (1703–1706; 1722–1723 гг.); высочайшие манифесты и указы (1713–1771; 1808–1917 гг.), указы Синода (1722–1729 гг.) и С.-Петербургской Духовной консистории (1766–1917 гг.); предписания Новгородского духовного правления (1803 г.), благочинного монастырей С.-Петербургской епархии (1864–1917 гг.); ордера (приказы) из канцелярии Александро-Невского монастыря настоятелю Староладожского Николаевского монастыря (1852–1771; 1864–1865 гг.); рапорты настоятеля монастыря в канцелярию Александро-Невского монастыря, в С.–Петербургскую духовную консисторию и др. инстанции (1733–1909 гг.).

Краткий очерк по истории монастыря и документы к нему ([конец XIX – начало XX вв.]);

выписи из межевых, писцовых и отказных книг; из договорных записей на размежевание земель; выписи из жалованных грамот и других документов по истории монастырей Северо-Запада, в т.ч. Староладожского Николаевского монастыря.

Главная церковная и ризничная опись монастыря (1868 г.); дополнительная церковная и ризничная опись монастыря (1868 г.); описи монастырского имущества (1702, 1703, [1713]; 1718; [1720]; 1726; 1728–1729; 1732; 1736; 1738; 1747; 1750; 1752; 1753; 1756; 1757; 1759–1764; 1771; 1806 гг.); приходо-расходные ведомости (1722–1744; 1760–1766; 1770–1771 гг.) и книги (1689; 1699; 1702–1770; 1811–1827 гг.); статистические ведомости о состоянии монастыря (о числе монашествующих, о количестве церквей и монастырской земли (1727–1731; 1739; 1916–1917 гг.);

генеральные планы местности монастыря, чертежи церковных зданий, монастырских келий, ограды; хозяйственных и др. построек (1812–1915 гг.); документы о постройке часовни с кельями и деятельности подворья монастыря в С.-Петербурге (1824–1884; 1913–1916 гг.);

переписка о размежевании земель, о сборе оброков, о преобразовании народного бесплатного училища для обучения грамоте детей окрестных поселений монастыря в одноклассное; об отчуждении земель из монастырской дачи «Ширица» под постройку линии Олонецкой железной дороги.

Расчетные листы служащих по найму в монастыре (1918 г.) и в подворье монастыря в С.–Петербурге (1896 г.);

Списки монастырской братии и служителей (1731 г.); послужные списки настоятеля, монашествующих и послушников (1818–1827; 1829; 1831; 1832; 1833–1836; 1916–1917 гг.);

именной список вотчинных крестьян монастыря, составленный по монастырской переписи 1758 года; переписка об определении в послушники (1892–1916 гг.); о поступлении в монашество (1892–1916 гг.); о перемещении и исключении разных лиц из монастыря (1892–1896 гг.); о назначении на разные должности и увольнении от них (1899–1909 гг.).

Документы по личному составу и имущественному состоянию приписных Троицкого Зеленецкого мужского, Введенского Островского мужского и Староладожского Успенского женского монастырей, в т.ч.; послужные списки настоятелей, монашествующих и послушников; списки лиц, выбывших из монастырей; статистические ведомости о состоянии монастырей (1901–1914 гг.; оп. 1, дд. 163, 165, 168, 169, 171, 173, 174, 178, 180, 183, 193).

Описи входящих и книги исходящих документов (1730–1771; 1810–1842 гг.).

Имеются: документы о деятельности Кирилло-Белозерского монастыря ([1725 (копии), 1759], 1763–1771 гг.; оп. 1, дд. 14, 57, 65, 71, 72); описание Рдейской пустыни Холмского уезда Новгородской епархии, книга для записи сведений о настоятеле и братии (копия), документы об упразднении пустыни (1733 – вт. пол. XIX в.; оп. 1, дд. 61, 79); дело Кирилловского земского исправника о расследовании обстоятельств приписки сына отставного рядового Иванова М.И. к батальону военных кантонистов (1848 г.; оп. 1, д. 113); тетради, выданные Кирилловским духовным правлением Новгородской губернии церквам Кирилловского уезда для записи родившихся, бракосочетавшихся и умерших (1796 г.; оп. 1, д. 82, ч. 1-2); указы С.-Петербургской духовной консистории архимандриту Зеленецкого Троицкого монастыря и книга учета участков земли монастыря, отданных под сенокосы, пашни и др. угодья (1771–1798 гг.; оп. 1, дд. 78, 80).