7 сентября 1805 г. Главное народное училище в С.-Петербурге, существовавшее с 1786 г. и не удовлетворявшее требованиям нового устава учебных заведений, подведомственных Университетам , было преобразовано в гимназию. Гимназия состояла из 4-х гимназических классов, 2-х классов уездного училища и 1-го класса приходского училища, образованных из 4-х классов Главного народного училища. Уездное и приходское училища служили приготовительными заведениями для гимназии. Таким образом, полный курс обучения в гимназии составлял 7 классов. В ноябре 1805 г. при гимназии был образован пансион для малообеспеченных детей . Курс обучения в пансионе соответствовал курсу гимназии по Уставу 1804 г. с прибавлением преподавания греческого языка и танцев. Именным указом императора 10 февраля 1817 года гимназии были даны особые преимущества и к курсу дисциплин добавлено изучение права в течение еще одного года. Воспитанникам, с успехом окончившим 8-летний курс обучения, присваивался чин 14-го класса. 26 марта 1822 года высочайше утвержденным докладом министра народного просвещения гимназия была преобразована в приготовительное учебное заведение для университета с педагогическим уклоном. Для этого в гимназии содержались казенные воспитанники для подготовки учителей уездных, приходских и частных училищ. В том же году в состав гимназии влился Учительский институт (учрежденный в 1817 году как Второго разряда Главный педагогический институт и переименованный в 1820 году в учительский). Новое учебное заведение было открыто 26 января 1823 года «под наименованием Санктпетербургской гимназии».

Гимназия находилась под общим ведением правления Университета, внутренний контроль поручался особому инспектору. Первоначально курс обучения продолжался 4 года с присоединением двух приготовительных классов. Прием проводился в июне и декабре. В Гимназию принимались мальчики от 12 до 15 лет, в приготовительные классы с 9 до 12 лет. Так же принимались пансионеры и вольноприходящие ученики . С 1828 года курс обучения составлял 7 лет.

Предписанием министра народного просвещения от 19 ноября 1830 года С.-Петербургская гимназия была переименована в С.-Петербургскую третью гимназию.

Преподавание в гимназии велось на очень высоком уровне, основное внимание уделялось изучению древних языков. Преподаватели проходили стажировку по изучению методики Дж. Ланкастера в Англии .

Гимназия находилась в ведомстве Министерства народного просвещения . На 1915 год гимназия состояла из восьми основных, восьми параллельных и одного приготовительного класса .

На основании декрета СНК от 5 июня 1918 года гимназия перешла в ведение Народного комиссариата просвещения . Декретом ВЦИК от 16 октября 1918 года гимназия была объединена с Женской гимназией Л.Ю.Юргенс и преобразована в Единую трудовую школу.

Высочайшие указы, циркуляры, предписания, распоряжения Министерства народного просвещения и попечителя С.-Петербургского (Петроградского) учебного округа (1824-1915 гг.); протоколы заседаний Педагогического совета (1831-1869; 1906-1910 гг.); журналы заседаний Хозяйственного комитета (1826, 1871-1915 гг.); документы о состоянии недвижимого имущества (1859 г.) и о передаче дома, подаренного 3-й гимназии, в ведение 2-й гимназии (1831-1833 гг.); о покупке участка земли (1833-1834 гг.); об устройстве церкви в доме гимназии (1825-1827; 1852, 1856 гг.); отчеты по учебной части (1851-1871; 1887, 1894-1914 гг.); рапорты о состоянии пансиона (1826, 1831, 1850-1856 гг.); дневник гимназии (1906-1910 гг.); программы (1839-1877; 1907-1916 гг.) и правила обучения (1826, 1852-1860, 1904-1906 гг.); распределение уроков (1855-1859, 1914 гг.); документы о разделении классов на отделения, об открытии приготовительного класса и параллельных отделений (1850, 1861-1875, 1881-1882, 1902 г.); документы о приобретении учебных пособий и книг для библиотеки (1826-1885, 1902 гг.); документы о медицинском обслуживании учеников (гг.) и устройстве больницы для чиновников гимназии (1850-1883); документы об учреждении Общества помощи нуждающимся ученикам (1879-1883 гг.) и о деятельности родительского комитета (1906-1916 гг.); приходо-расходные и финансово-отчетные документы, в т.ч. Учительского института (1819-1916 гг.).

Документы по личному составу преподавателей гимназии (алфавитный список, формулярные, послужные, наградные, кавалерские списки, прошения об определении, увольнении и переводе в другие учебные заведения, чинопроизводство, списки для адрес-календарей, свидетельства на жительство, удостоверения о службе, требовательные ведомости на выдачу жалованья и др. (1817-1927 гг.).

Документы по личному составу учеников гимназии (алфавитный список, личные дела, различные свидетельства, приемные списки, экзаменационные, переводные и годовые ведомости, кондуитные списки, журналы успехов и поведения, прошения о приеме и увольнении из гимназии и др. (1824-1919 гг.); личные дела учениц бывш. Гимназии Л.Ю.Юргенс и других учебных заведений, присоединенных к гимназии (1918-1919 гг.).

Имеются документы о наводнении 7 ноября 1824 года.