17 декабря 1919 г. решением патриарха Тихона, Синода и Высшего церковного совета утверждено положение о Богословском институте в Петрограде. Он являлся высшим церковным учебным заведением, имеющим целью «подготовку просвещенных духовно настроенных пастырей и деятелей православной церкви». Открытие института состоялось 16 апреля 1920 г. в помещении Троицкого подворья. 15 сентября 1920 г. институт внесен в реестр «Обществ и союзов» в отделе управления Петроградского совета, а 14 октября того же года принят в состав «Объединенного совета научных учреждений и высших учебных заведений».

Находился в ведении патриарха. Деятельность института протекала под руководством петроградского митрополита Вениамина. Непосредственное управление институтом осуществлялось назначаемым патриархом ректором при участии совета и правления. В институт принимались лица обоего пола с 18 лет, православного вероисповедания, имеющие высшее или законченное среднее образование. Срок обучения составлял 3 года. Содержался на средства Петроградской епархии и на плату за обучение.

С декабря 1920 г. при институте на правах среднего духовного учебного заведения существовало Богословско-пастырское училище, в которое после закрытия осенью 1918 г. была преобразована Петроградская духовная семинария. Первым ректором института стал протоиерей Николай Чуков – впоследствии митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий II.

Точная дата ликвидации не установлена. Последние сведения о деятельности института относятся к 1923 году.

Документы деятельности комиссии по открытию института; протоколы заседаний уполномоченных приходских советов об открытии института, списки представителей советов (1919 г.); положение об институте (1919 г.); документы и письма разных лиц об открытии института (1919–1920 гг.).

Журналы постановлений президиума совета института (1921–1923 гг.); журналы записи годичных актов и памятных дней института (1921–1922 гг.); переписка Института с различными учреждениями и лицами (1920–1923 гг.); проект сметы на содержание института (1919 г.); смета на содержание института (1920 г.); ревизионные акты о смете института (1920–1923 гг.); переписка о передаче помещений Институту (1920 г.); воззвания к прихожанам и верующим; распоряжения о проведении сборов в пользу института; денежных ведомости о сборе пожертвований (1919–1922 гг.); документы и положение о создании фонда профессоров и студентов (1920–1921 гг.); расписки служащих в получении жалования (1920 г.).

Переписка о предметах преподавания (1919 г.); программы и расписание лекций и семинаров (1920–1923 гг.); журналы для записи лекций (1920–1922 гг.); отчеты профессоров о прочитанных лекциях (1921–1922 гг.); переписка о посещении лекций студентами (1922–1923 гг.); письмо Археологической комиссии о передаче в дар институту своих изданий (1920 г.); объявления о приеме студентов и запрете посещений лекций посторонним (1920 г.); правила поступления и обучения студентов (1921–1923 гг.); документы и ведомости о сдаче зачетов (1920–1923 гг.); переписка по заявлениям студентов об избранных темах сочинений; темы сочинений; отзывы профессоров о сочинениях студентов (1920–1923 гг.); положение о присуждении выпускникам ученых степеней; правила выдачи и копии дипломов выпускников (1922–1923 гг.).

Проект сметы на содержание Богословско-пастырского училища при институте (1919 г.); переписка об открытии Богословско-пастырского училища, программы лекций, заявления слушателей (1920–1921 гг.); справка о суммах, ассигнованных на содержание духовно-учебных заведений (1919 г.); проект положения об Академии богословских наук (б/д); отчет деятельности бюро церковной частной миссии (1921 г.); программы и темы публичных лекций института (1920–1921 гг.); переписка о религиозных собраниях, устраиваемых институтом (1920–1921 гг.); проект положения о коллегии студентов (1922 г.); журналы записи занятий студенческих кружков; доклады студентов (1920–1921 гг.).

Отношение митрополита Вениамина на утверждение ректора и проректора патриарху Тихону, список членов совета института (1920 г.); анкеты, автобиографии и отчеты служащих (1920–1923 гг.); справка об ученых званиях служащих (б/д); прошения о приеме, автобиографии и аттестаты студентов (1920–1923 гг.); переписка о посвящении студентов в сан (1920 г.).

Имеются: Фрагмент автобиографии архиепископа Тверского Иоасафа Заболотского; старообрядческий канон Пасхе И. Дамаскина (XIX век); работа «Очерк истории греческого письма» с дарственной надписью К.И. Успенского (1898 г.); образцы значков института; мировая карта распространения православия (1921–1922 гг.).