Открыта 24 октября 1829 г. Название получила по освящённой церкви св. Марии Магдалины. В 1874 году при Больнице было открыто частное благотворительное общество для помощи выписывающимся неимущим, а в 1885 году — амбулатория для приходящих больных. Находилась в ведении Попечительного совета заведений общественного призрения, с 1884 года — С.-Петербургского (Петроградского) городского общественного управления. Передана в ведение Комиссариата здравоохранения Союза коммун Северной области на основании декрета СНК от 18 июля 1918 г.

Годовые отчёты и статистические сведения по Больнице (1830–1916 гг.); выписки из журналов заседаний попечительного совета Больницы (1829–1837 гг.); медицинские отчёты (1851–1875; 1883; 1889 гг.); журналы приёма на лечение и алфавит больных (1834–1835; 1892–1897; 1906 гг.); истории болезней (1905; 1914–1916 гг.); перепискао больных, об оплате и стоимости лечения, об отказах приёма в Больницу (1831; 1834–1837; 1841–1842; 1845–1854; 1861–1892; 1902 гг.). Документы об открытии детского отделения (1834 г.) и амбулатории при Больнице (1894–1900 гг.); об учреждении приюта для бедных детей, родители которых находятся на лечении (1869 г.), о приёме на обучение фельдшерскому делу крепостных мальчиков (1837 г.). Договоры на приобретение домов и участков земли для постройки новых зданий (1865; 1907–1915 гг.); сметы и отчёты о ремонте и постройке зданий (1834–1837; 1864–1869; 1883; 1904–1905; 1917 гг.). Журналы заседаний хозяйственного и строительного комитетов Больницы (1907–1918 гг.); годовые сметы и сведения о капитале, приходо-расходные документы Больницы (1833–1834; 1846; 1904–1911; 1917 гг.); переписка о ревизии Больницы и аптеки при ней (1831–1832; 1837–1839; 1902 гг.); о пожертвованиях на нужды Больницы (1864–1865 гг.).

Документы по личному составу, в т. ч. прошения о приёме и увольнении врачей, фельдшеров, повивальных бабок, студентов-экстернов, личные дела персонала, наградные списки (1831–1837; 1841–1917 гг.); ведомости и списки на выдачу жалования (1888–1896; 1902–1903; 1911–1917 гг.); журналы вольнонаёмных служащих и прислуги (1888; 1901 гг.); списки, удостоверения об окончании курсов, документы о службе сестёр милосердия при Покровском отделении Больницы (1910–1918 гг.).

Имеется купчая крепость на приобретение земли и дома Кусова для Больницы (1828 г.).