В 1787 г. при 1-м кадетском корпусе образована эстонская евангелическо-лютеранская община. Первоначально состояла в основном из нижних чинов гвардии и флота. До 1842 года эстонцы-лютеране приписывались к немецкому приходу церкви Св. Михаила на Васильевском острове, где им разрешалось проводить богослужение на эстонском языке один раз в две недели по воскресеньям, после окончания богослужения на немецком языке.

В 1842 году эстонский приход отделен от немецкого; 16 мая 1843 г. для прихожан освящена временная домовая церковь во имя Св. Иоанна, располагавшаяся в арендованном доме по Дровяному переулку (в Малой Коломне). В 1859–1860 гг. на участке по Офицерской ул., 54 по проекту архитектора Г.А. Боссе на средства казны возведена новая каменная церковь на 800 мест, освященая 27 ноября 1860 г. в честь Святого апостола Иоанна. В 1890 и 1905 гг. производился ремонт церковного здания.

В состав прихода входило эстонское население С.-Петербурга, Петергофа, Царского Села, Сестрорецка, Шлиссельбурга, Колпино, а также были приписаны эстонцы пересыльной тюрьмы и дома предварительного заключения, филиальные домовые церкви при городской богадельне, одиночной тюрьме, исправительном арестантском отделении в С.-Петербурге и молитвенный дом в Колпино.

В приходе действовали церковно-приходская школа и два приюта для стариков и детей.

На основании постановления Наркомюста от 18 августа 1918 г. «О порядке проведения в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» независимо от конфессии» церковь лишалась прав юридического лица, а ее имущество подлежало национализации. Закрыта в 1930 году.

Указы, циркуляры и распоряжения С.-Петербургской евангелическо-лютеранской консистории (1854–1877, 1910–1911 гг.)

Метрические книги о родившихся (1843–1867 гг.), пасторские и метрические свидетельства разных лиц (1890 г.), книга записей причастников (1845–1848 гг.); книга записей о конфирмации (1863–1878 гг.).

Препроводительные командиров полков, арестантских рот и др. пасторам церкви о допущении к исповеди нижних воинских чинов и арестантов лютеранского вероисповедания с приложением списков (1879–1901 гг.).

Документы о строительных и ремонтных работах (1910–1912 гг.), в т.ч. договор с архитектором Дублинским М.Х. о постройке церковного дома (1910 г.), чертежи канализации во дворе церкви (1910 г.), финансовый отчет о постройке нового церковного дома и др.

Акт о совершении купчей крепости между пастором Валком и Акционерным обществом «Строитель» на приобретение последним двух участков земли в поселке Фаворито (1918 г.).

Книга регистрации и исходящих документов за 1873–1884 гг.