Церковь устроена в 1834 году по повелению императора Николая I на средства казны при бывшем Александровском сиротском доме (Каменноостровский пр., 21; постройка 1831-1834 гг., архитектор Л. Шарлемань). Освящена в том же году. В 1844 году в связи с переводом из Царского Села в здание Сиротского дома Александровского лицея церковь стала «лицейской». Помещалась в главном каменном здании лицея.

Ремонтировалась в 1861 и 1904 годах.

Декретом СНК от 23 января 1918 года «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» церковь лишена прав юридического лица, ее имущество подлежало национализации. Постановлением СНК от 25 мая 1918 г. Александровский лицей закрыт. Одновременно закрыта лицейская церковь. Ее имущество передано в собор Св. Живоначальной Троицы на Петроградской стороне.

Здание лицея является памятником архитектуры и охраняется государством.

Метрическая книга (1912 г.); исповедные росписи церкви (1865–1879; 1890–1910 гг.); клировые ведомости (1880–1909 гг.); книга брачных обысков (1840–1916 гг.); брачные документы разных лиц, в т.ч.: свидетельства о разрешении на вступление в брак, свидетельства об исповеди и причастии; копии паспортных книжек (1886–1916 гг.).