В 1718 году указом Петра I в Петербурге основана «Инструментальная изба» для изготовления и ремонта хирургических инструментов и снабжении ими госпиталей и воинских частей. Находилась в ведении Медицинской коллегии, с 1725 года – Медицинской канцелярии. В 1763 году «Инструментальная изба» реорганизована в фабрику лекарских инструментов, в 1796 г. преобразована в Инструментальный хирургический завод.

С 1802 года завод находился в ведении Министерства внутренних дел, и во время Отечественной войны 1812 года он был единственным, кто снабжал русскую армию хирургическими инструментами. В 1836 году, в связи с закрытием московского инструментального завода, его лучшие мастеровые были переведены в С.-Петербург. В 40-50 гг. XIX века завод стал экспериментальной площадкой для проведения хирургических операций и применения изобретений Н.И. Пирогова. В 1859 году завод перешел в ведение Военного министерства. В декабре 1883 г. Особая комиссия при Главном военно-медицинском управлении постановила закрыть завод, однако это решение не было исполнено из-за необходимости переоснащения армии.

К концу XIX века завод потерял значение общегосударственной экспериментальной мастерской инструментально-хирургического производства. 9 ноября 1896 г. он был преобразован в Завод военно-врачебных заготовлений, к которому был присоединен аптечный магазин, превратившийся в центральный склад по заготовке и закупке хирургических инструментов для военного ведомства.

С началом Первой мировой войны произошло увеличение персонала завода за счет создания перевязочного отдела. Помимо своей основной продукции, завод изготавливал повязки для предохранения от газов и респираторы, таблетки для стерилизации питьевой воды. Увеличилось производство протезов и ортопедических аппаратов, было организовано изготовление медицинских препаратов из лекарственных растений.

Декретом II съезда Советов от 28 октября 1917 г. завод передан в ведение Наркомата по военным и морским делам.

Предписания Министерства внутренних дел; Военного министерства и Департамента казенных врачебных заготовлений Министерства внутренних дел об изготовлении хирургических инструментов, медикаментов и о снабжении ими воинских частей, полевых госпиталей, санитарных поездов, аптек и др. лечебных заведений (1807–1917 гг.).

Приказы начальника завода (1896–1916 гг.); журналы и копии журналов особых совещаний при заводе (1901–1904; 1911–1912 гг.); инструкции по делоуправлению заводом (1902–1903 гг.).

Годовые отчеты (1829–1836; 1843–1844; 1847; 1849–1850; 1855; 1858; 1860; 1868–1869; 1871–1875; 1877–1878; 1880–1881; 1884–1887; 1891–1898; 1900–1907; 1909–1910 гг.); эксплуатационные планы (1873; 1876; 1881–1882; 1884; 1888; 1894; 1896; 1901–1914 гг.); смета на эксплуатацию завода, планы заготовок (1915 г.); переписка о деятельности завода во время эпидемии холеры; о противохолерных мероприятиях (1831–1832; 1892–1896; 1905 гг.); положение о Комиссии по улучшению военно-врачебного снабжения при заводе (1905 г.); журнал заседаний Комиссии по улучшению санитарного состояния (1907–1910 гг.); отчет о деятельности завода в годы русско-японской войны (1907 г.); переписка о мобилизационной готовности неприкосновенных запасов и лечебных заведений Петрограда (1900–1914 гг.).

Журналы заседаний хозяйственного комитета (1871; 1880–1881; 1884; 1873–1916 гг.); постановления Комитета (1915–1916 гг.); главные книги (1891–1917 гг.); журнал заседаний Комиссии по изготовлению инструментов; ведомости изготовления и сборки наборов (1907–1908 гг.); переписка об изготовлении хирургических инструментов, врачебных предметов, медикаментов, перевязочных средств; технические условия, расценки и калькуляции изделий (1807–1812; 1820–1823; 1827–1832; 1837–1918 гг.); журналы работ мастерских завода (1897–1916 гг.); акты освидетельствования изделий (1901–1917 гг.); договоры и переписка о контрактах и поставках на завод материалов, топлива и оборудования (1820–1822; 1832–1840; 1849–1851; 1863–1902; 1911–1917 гг.); списки поставщиков (1904–1908 гг.); приходо-расходные ведомости инструментов и материалов (1807–1813; 1827–1917 гг.); каталог медикаментов, выпускаемых заводом (1904–1905 гг.); список судов и госпиталей (1838 г.); ведомости заготовок медикаментов; материалы о численном составе воинских частей, снабжаемых заводом (1890–1916 гг.); чертежи и описания хирургических инструментов (1908–1910 гг.).

Переписка о производстве опытов и исследований; об изготовлении и хранении на заводе опытных образцов (1810–1812; 1820; 1830; 1840–1846; 1861–1863; 1872–1873; 1896–1917 гг.); документы о командировании учеников на С.-Петербургский литейный завод для знакомства с паровой машиной (1822–1823 гг.); об освидетельствовании ранца, изобретенного Н.И. Пироговым (1859–1860 гг.); опись хирургических инструментов и предметов, входивших в губернский набор (1859 г.); переписка о производстве офтальмоскопов (1861–1863; 1872–1873 гг.); о замене иностранной стали сталью отечественного производства (1903–1915 гг.); документы об отправке инструментов и оборудования на Дальний Восток (1900–1911 гг.); об изготовлении повязок от газов и таблеток для стерилизации воды (1915–1917 гг.); о наличии перевязочных средств для Северного, Западного и Юго-Западного фронтов (1916 г.).

Документы об оборудовании оловянной мастерской (1829–1830; 1902–1903 гг.); отчеты по мастерской (1835–1840 гг.); переписка об устройстве и оборудовании бактериологической (1897–1898 гг.) и химической лабораторий (1898–1900; 1903–1906 гг.); об устройстве хлопкоочистительной мастерской (1914–1916 гг.).

Переписка о ревизии имущества завода (1838; 1841–1842; 1883 гг.); журналы заседаний Комиссии по проверке имущества завода (1884–1886 гг.); переписка о выпуске заводом бракованных инструментов; доклад о деятельности завода (1903–1907 гг.); документы о деятельности Комиссии по реквизиции материалов и оборудования; ведомости реквизиционного и трофейного имущества (1914–1918 гг.); переписка о страховании имущества завода (1875 г.).

Документы о производстве строительных работ и оборудовании завода (1822–1916 гг.); переписка об упразднении должности инспектора Аптекарского острова и передаче его зданий заводу; опись зданий (1861–1862 гг.); журнал заседаний Комиссии по переустройству завода (1902 г.); документы о расширении завода за счет территории Нового Адмиралтейства (1910–1917 гг.); ведомости станков и оборудования завода (1894–1895 гг.); ведомости учета недвижимого имущества и изделий завода (1907–1912 гг.); статистические сведения об оборудовании завода (1916–1917 гг.).

Приказы по бухгалтерии (1900–1916 гг.); отчеты бухгалтерии (1907 г.); приходо-расходные журналы бухгалтерии (1898–1916 гг.); документы о доходах завода; сметы и ведомости доходов и расходов (1845–1847; 1863–1864; 1873; 1877; 1882–1919 гг.); сличительные ведомости денежных оборотов по смете (1880–1896 гг.); ведомости учета кредитов завода (1886–1887; 1891; 1910–1916 гг.); документы и ведомости о стоимости инструментов и медикаментов (1832–1833; 1837–1918 гг.); книги учета стоимости приобретенного материала и инструментов (1866; 1906–1912; 1916 гг.); списки кредиторов завода (1894–1895 гг.).

Документы о деятельности Инструментального отдела (1899–1919 гг.); годовые отчеты (1901–1907; 1913 гг.); эксплуатационный план отдела (1910–1911 гг.); переписка о расширении Инструментального отдела (1904–1907 гг.); об организации литейного производства (1912 г.); документы о приобретении оборудования (1912–1917 гг.); ведомости оборудования (1912; 1916 гг.); рапорты начальнику завода о разрешении сверхурочных работ (1915–1916 гг.); журналы учета работ (1903; 1906; 1911–1916 гг.); наряды на изготовление изделий (1916–1917 гг.); книги учета инструментов (1908; 1916 гг.); материалы, ведомости и сметы на изготовление инструментов (1899–1918 гг.); калькуляции изделий (1903–1917 гг.); акты об освидетельствовании изделий; ведомости забракованных инструментов (1908 г.); ведомости инструментов и медикаментов, подлежащих изготовлению на Инструментальном отделении (1910 г.); списки книг для библиотеки отдела (1911–1912 гг.).

Документы о деятельности Аптечного отдела, лаборатории и таблеточной мастерской (1896–1917 гг.); приказы по отделу (1896–1899 гг.); докладная записка начальника отдела (1902–1903 гг.); документы о деятельности Комиссии для определения расхода медикаментов при выпуске таблеток (1906–1908 гг.); проект устройства аптеки при отделе (1906 г.); годовые отчеты (1901–1905; 1907–1912; 1914–1915 гг.); эксплуатационные планы отдела (1898; 1915 гг.); документы о составлении планов заготовок; планы заготовок (1905–1912 гг.); переписка об оборудовании отдела (1900–1901 гг.); об охране казенного имущества (1912–1913 гг.); о реквизиции материалов; ведомости полученных материалов (1914–1917 гг.); журналы учета работ (1898–1917 гг.); книга записи медикаментов (1909 г.); книги записи рецептов (1913–1918 гг.); журналы отпуска медикаментов (1916 г.); переписка о заготовке, изготовлении и отправке материалов (1898–1916 гг.); описание укладки медикаментов для полевого госпиталя (1908; 1914 гг.); ведомости учета стоимости медикаментов (1903–1904; 1906–1910; 1913–1915 гг.); каталоги медикаментов для флота (1896–1899 гг.); документы об отправке документов на Дальний Восток (1904–1907 гг.); отчет о деятельности отдела в годы русско-японской войны (1907 г.).

Документы о деятельности Перевязочного отдела, с асептическим и подготовительным отделениями (1895–1918 гг.); проект изменения штатного расписания отдела (1899 г.); приказы по отделу (1896–1906; 1908–1916 гг.); годовые отчеты (1897; 1899–1902; 1908 гг.); эксплуатационный план отдела (1910–1911 гг.); переписка об организации и порядке деятельности отдела (1895–1903 гг.); журнал заседаний Комиссии по пересмотру и утверждению раскладки материалов для изготовления изделий отдела (1906 г.); ведомости о ходе работ (1900–1915 гг.); журналы учета работ (1897–1901; 1906–1908; 1911–1915 гг.); документы о количестве поступивших, обработанных и изготовленных средств (1895–1916 гг.); ведомости учета количества и стоимости перевязочных средств (1895–1918 гг.); условия приема от поставщиков материалов (1898–1904 гг.); переписка о поставках и контрактах (1902–1903 гг.); книга учета заключенных контрактов (1915 гг.); описания образцов и средств (1896; 1908; 1912 гг.); документы о проведении исследований и проектов (1904–1905; 1909; 1911–1912 гг.); переписка об изготовлении повязок против газов (1915 г.); Приемо-сдаточные ведомости инвентаря имущества (1896–1899; 1904; 1909–1910 гг.); инвентарная книга отдела (1897 г.).

Документы о деятельности Механической части (1896–1916 гг.); приказы по части (1897; 1903 гг.); инструкции служащим (1908–1909 гг.); годовые отчеты (1904–1905; 1907–1909 гг.); эксплуатационные планы части (1910–1911; 1914–1915 гг.); документы о производстве строительных и ремонтных работ; сметы на поставки; переписка об оборудовании мастерских завода (1896–1916 гг.); ведомости механического оборудования (1896–1912 гг.); ведомости учета расхода топлива и электроэнергии (1908–1911 гг.); журнал учета работ (1898 г.); инвентарные книги оборудования (1897; 1904; 1908; 1912 гг.); чертежи оборудования (1901–1905 гг.).

Документы о деятельности Приемной комиссии завода (1899–1916 гг.); журналы учета работ (1901–1903 гг.); акты приемной комиссии об освидетельствовании инструментов и аппаратов (1904–1917 гг.); ведомости инструментов и материалов (1899–1900; 1908–1911 гг.); переписка о результатах освидетельствования материалов (1915–1917 гг.); отчет о деятельности Комиссии в годы русско-японской войны (1907 г.).

Документы о деятельности Комиссии по наряду полевых госпиталей, рапорты начальнику завода (1903–1905 гг.); переписка о заготовке и отправке инструментов; ведомости отправки имущества (1901–1914 гг.); ведомости неприкосновенного запаса медицинского имущества (1906–1910 гг.); переписка о его освидетельствовании (1906–1911 гг.); документы об отпуске медикаментов для приемного покоя (1900 г.).

Переписка о деятельности магазина завода (1898–1916 гг.); приказы по магазину (1898–1899 гг.); годовой отчет (1901 г.); эксплуатационный план (1910–1911 гг.); переписка об изготовлении и отправке медикаментов и предметов (1898–1902; 1909–1910; 1912 гг.); ведомости материалов (1910–1916 гг.); приемо-сдаточные ведомости магазина (1910 г.); материалы о расходе медикаментов (1916 г.); ведомости имущества магазина (1912 г.).

Документы об открытии класса рисования для рабочих (1829 г.); переписка о приеме детей в школу лекарских и аптекарских помощников (1830–1833 гг.); о закрытии школы лекарских и аптекарских учеников (1837 г.).

Переписка об устройстве при Инструментальном отделе ремесленной школы (1905–1906 гг.); документы об организации столовой для рабочих; отчеты по столовой (1897–1904 гг.); переписка о снабжении рабочих и служащих продовольствием; устав Общества потребителей (1915–1918 гг.); списки рабочих и служащих на удержания из жалования за питание в столовой (1897–1899; 1901–1902; 1907–1909 гг.).

Переписка о предоставлении квартир рабочим и служащим (1902–1917 гг.); о постройке дома для рабочих (1912–1917 гг.); списки лиц, занимавших квартиры (1838–1839; 1902–1917 гг.); списки служащих на удержание квартирного налога (1892–1896; 1900–1902; 1914 гг.); списки рабочих и служащих с вычетами за адресный и больничный сборы (1894–1896 гг.); документы об эмеритальной кассе Военно-сухопутного ведомства; список участников кассы (1909 г.); документы об учреждении ссудо-сберегательной кассы вольнонаемных служащих; проект устава (1909–1911 гг.); приходо-расходные ведомости кассы (1913–1915 гг.); списки членов кассы (1916 г.); переписка об офицерском заемном капитале (1898–1914 гг.); отчеты по капиталу (1902–1911; 1913–1915 гг.); приходо-расходные книги капитала (1906–1907; 1914–1916 гг.); ведомости вычетов с участников офицерского заемного капитала (1894 г.); документы о состоянии долгов и вкладов участников (1910–1911 гг.); рапорты и прошения о выдаче ссуд (1902; 1905–1907; 1914 гг.); книга выдачи ссуд (1912–1918 гг.); списки участников (1898; 1904; 1906; 1915 гг.).

Документы о принятии рабочих и служащих в Дом призрения (1830–1832 гг.); рапорты и переписка о несчастных случаях с рабочими (1897–1918 гг.); о болезнях и отпусках рабочих и служащих; переписка об отправке их на лечение (1846; 1851; 1860; 1875; 1880; 1907–1917 гг.); о выдаче жалования за время болезни (1906–1917 гг.); переписка о сборах пожертвований в пользу пострадавших от неурожаев (1891–1897; 1899 гг.); в пользу раненых в русско-японской войне (1904–1905 гг.); списки жертвователей (1899 г.).

Документы об организации музея завода и переписка о приобретении для него инструментов в Париже (1865–1868 гг.); списки инструментов для музея завода (1898–1899 гг.); переписка о реорганизации музея и сборе экспонатов (1909–1912 гг.).

Документы об участии завода во всероссийских и международных выставках, в т.ч. в Первой выставке мануфактурных произведений в С.-Петербурге, в Политехнической выставке в Москве, во Всероссийской выставке в Нижнем Новгороде, в международных выставках в Вене, Филадельфии, Чикаго, Париже и пр. (1829–1916 гг.); переписка об участии в праздновании 100-летия со дня рождения Н.И. Пирогова (1910–1917 гг.).

Документы о проступках и наказании рабочих и служащих завода (1820–1821; 1829–1834; 1837–1841; 1851; 1869–1875 гг.); об увольнении рабочих (1870–1874 гг.); переписка о взыскании с рабочих и служащих по исполнительным листам (1896 г.); книга учета взысканий (1901–1916 гг.); списки на взыскания (1898–1900 гг.); документы об удержании штрафов (1896–1917 гг.); переписка о запрещении масонских лож и тайных обществ (1822 г.); о переходе евреев в христианство (1830 г.); документы об изготовлении клейм для клеймения дезертиров и каторжников (1845–1849 гг.); переписка о выдаче билетов на жительство иностранным подданным (1829; 1844–1847; 1849; 1851; 1856 гг.); об усилении надзора за рабочими и мастерами, прибывшими из–за границы (1851 г.); документы о разрешении частным лицам изготовления анатомических и фельдшерских наборов (1864 г.).

Предписания начальника завода начальнику Инструментального отдела о розыске инициаторов стачки рабочих отдела (1898 г.); рапорты об обнаружении на заводе прокламаций и нелегальной литературы (1898–1899; 1905–1907 гг.); об участии в демонстрации 9 января 1905 г.; о забастовке на заводе (1905 г.); списки рабочих, уволенных за забастовку (1905 г.); списки лиц, не подлежащих приему на завод (1897–1916 гг.).

Документы об увеличении штата рабочих и служащих (1833; 1837–1840; 1845; 1904–1905 гг.); штатные расписания (1862–1864; 1875 гг.); переписка о назначении Комиссии для разработки правил найма рабочих (1838 г.); об условиях приема рабочих (1867–1868; 1893–1894; 1897 гг.); документы о распорядке рабочего дня (1840; 1900 гг.); о введении работы в две смены (1905–1906; 1914–1917 гг.).

Переписка о приеме, переводе и увольнении рабочих и служащих; прошения о приеме (1820–1917 гг.); о переводе рабочих и служащих из Московского инструментального завода (1837 г.); о причислении рабочих и служащих завода к петербургскому и шлиссельбургскому мещанству (1875–1877 гг.); документы о числе дворян на заводе (1844 г.); об образовании офицеров и служащих (1900–1901 гг.); переписка и рапорты о прикомандировании к заводу врачей и фармацевтов; списки врачей и фармацевтов (1885–1886; 1895–1916; гг.); аттестационные списки; материалы о выдаче видов на жительство; требовательные ведомости о выдаче жалования прикомандированным (1899–1916 гг.); списки рабочих и служащих, избранных в присяжные заседатели (1901; 1904–1914 гг.); списки выборщиков в Государственную думу (1906–1909; 1912–1914 гг.); документы о выборах в Центральный военно-промышленный комитет, списки выборщиков (1915 г.).

Циркуляр об ограничении перевода нижних чинов из военного ведомства в гражданские чины (1830 г.); документы об организации инвалидной команды (1820 г.); о службе кантонистов на заводе (1829–1855 гг.), списки кантонистов (1840–1856 гг.); переписка о разрешении квалифицированным рабочим и служащим прохождения военной службы на заводе (1903 г.); списки рабочих, участвовавших в русско-японской войне (1909 г.); списки военнообязанных рабочих и служащих (1912–1917 гг.); переписка по мобилизации; о предоставлении отсрочек от призыва (1914–1918 гг.); военные билеты рабочих (1890–1915 гг.); документы об условиях приема военнопленных (1916–1917 гг.).

Переписка о порядке выдачи жалования (1835–1838 гг.); о расходах по личному составу (1910 г.); документы о выдаче жалования, пенсий и пособий рабочим и служащим; об оплате сверхурочных работ; прошения о выдаче пенсий и пособий; требовательные ведомости на выдачу жалования; книги и списки рабочих и служащих на получение жалования (1812; 1820; 1822–1823; 1829–1917 гг.); расчетные книжки рабочих (1898–1916 гг.).

Формулярные списки служащих (1830; 1842; 1846; 1848–1865; 1867; 1869–1871; 1874–1897; 1899–1900; 1903–1906; 1916–1917 гг.); свидетельства учеников на звание мастеровых (1872–1880 гг.); аттестаты, аттестационные списки служащих (1899; 1903–1914 гг.). Рапорты о выдаче паспортных книжек; удостоверения на право проживания (1896–1917 гг.); книги расписок служащих о приходе на работу (1904–1914 гг.).

Документы о численности рабочих и служащих (1861–1864; 1899–1906; 1909–1917 гг.); переписка о разрешении ученикам вступать в брак (1851–1853 гг.); рапорты служащих об изменении семейного положения (1907–1909 гг.); книга регистрации рабочих и служащих, поступивших на завод (1904–1908 гг.); табели рабочих (1899–1917 гг.); книги личного состава рабочих и служащих (1879–1919гг.); списки рабочих и служащих (1838–1865; 1893; 1896–1918 гг.); списки учеников (1853–1894 гг.); документы о количестве женщин на заводе (1912–1914 гг.); списки работающих детей (1862–1863 гг.); книга личного состава офицеров и чиновников (1912–1915 гг.); списки офицеров и классных чиновников (1897–1916 гг.); списки церковных певчих (1853 г.).

Личные дела служащих (1896–1900; 1905–1908; 1914 гг.); документы о службе Н.И. Пирогова, его предложения (1910 г.); документы о зачислении нижних чинов на завод; списки запасных нижних чинов (1897–1898 гг.).

Домовые книги (1899–1915 гг.); журналы регистрации входящих и исходящих документов (1820; 1822; 1914 гг.).