Открыта 17 июля 1790 г. Организатором ее деятельности и первым аптекарем был немецкий фармацевт Николай Крамп. Аптекарь утверждался на должность главным врачом с согласия директора Воспитательного дома и инспектора Медицинской коллегии. Действия аптеки подчинялись общему Аптекарскому уставу от 20 сентября 1789 г.

С 1 августа 1814 года по поведению императрицы Марии Федоровны С.-Петербургскому опекунскому совету аптеке вменялось в обязанность «отпускать медикаменты и материалы во все заведения под высочайшим ее императорского величества покровительством состоящим». Аптека отпускала медикаменты и готовила рецептурные лекарства для отделений и служащих Воспитательного дома, Петроградского сиротского института Николая I, Петроградского сиротского Александровского дома, Училища глухонемых, Французских классов, Павловского института, лазаретов женской прислуги и сельских округов, а также продавала лекарства со скидкой бедным слоям населения.

Аптека состояла в Ведомстве учреждений императрицы Марии. Находилась по адресу: набережная реки Мойки, 48. Последним заведующим аптекой был К.М.Прянишников.

На основании постановления Временного правительства от 12 мая 1917 г. Ведомство учреждений императрицы Марии вошло в состав Министерства государственного призрения. На основании постановления Народного комиссариата здравоохранения от 30 декабря 1918 года аптека национализирована.

Распоряжения IV отделения Собственной е.и.в. канцелярии (1825, 1839, 1861, 1864 гг.); переписка правления аптеки с С.–Петербургским опекунским советом, Медицинским департаментом и физикатом (1797, 1815–1867 гг.); переписка по организации работы аптеки, составлении отчетности, поставкам лекарственных средств и аптечных материалов (1830–1862 гг.); документы об ущербе от наводнений и ревизии аптекарских материалов (1796, 1824, 1827 гг.); документы о перестройке зданий аптеки (1838 г.); переписка с Департаментом горных и соляных дел о поставке серебра (1820–1832 гг.); объяснительные записки к отчетам по аптеке (1871–1882 гг.); штат аптеки (1852 г.).

Инвентарь имущества аптеки, реестры лекарственных препаратов (1810, 1835–1880 гг.); приходо-расходные ведомости, бухгалтерские книги (1822–1871 гг.); каталоги цен на лекарства и аптечные материалы (1834, 1840 гг.); документы по личному составу служащих аптеки, ведомости выплаты жалованья, списки, дела о службе, прошения, рапорты (1791, 1810–1864 гг.).