17 июня 1870 г. правление еврейской общины в С.-Петербурге обратилось в С.-Петербургскую городскую думу с ходатайством об отводе участка земли для устройства нового кладбища в связи с тем, что на существовавшем, на тот момент, еврейском кладбище на выделенном участке Волковского лютеранского кладбища закончились свободные места для погребения умерших. На основании именного указа от 20 октября 1871 г. «Об устройстве кладбищ в С.-Петербурге» в 1872 году Исполнительной комиссией по устройству городских кладбищ приобретен участок земли близ станции Обухово Николаевской железной дороги. 1 декабря 1872 г. на этом месте открылось городское Преображенское кладбище. В феврале 1873 г. правление С.-Петербургской еврейской общины заключило договор с городским общественным управлением о передаче общине участка земли на Преображенском кладбище для погребения покойников иудейского исповедования. Согласно договору городское управление брало на себя устройство кладбища на общих для всех вероисповеданий основаниях, и обязывалось не вмешиваться во внутренние распоряжения по делам кладбища после передачи его в ведение еврейской общины, оставляя за собой только высший надзор за исправным содержанием кладбища и соблюдением санитарных правил. В свою очередь, еврейская община за пользование участком земли была обязана отчислять в пользу города помогильную плату.

В 1873–1874 гг. на отведенном участке по проекту архитектора И.И. Шапошникова построены необходимые для кладбища здания: двухэтажный деревянный дом для омовения и отпевания, жилой дом для сторожа и могильщиков, сарай и др. хозяйственные постройки. Официальное открытие кладбища состоялось 16 февраля 1875 г., со 2 марта 1875 г. начались регулярные погребения. Первым захоронением на кладбище стала двойная могила рабочих Охтинского порохового завода, погибших при взрыве 28 февраля 1875 г.

Еврейское кладбище находилось в общем ведении С.-Петербургского городского общественного управления. Для непосредственного заведывания делами кладбища и организации захоронений при хозяйственном правлении С.-Петербургской еврейской общины образовано особое Кладбищенское отделение правления. Оно состояло из 2-х членов правления, 4-х членов общины, раввина и секретаря правления. Кладбище делилось на 5 разрядов, 4 из которых были платные и различались по стоимости погребения, за 5-й разряд плата не взималась. Распределение мест для каждого разряда предоставлялось на усмотрение еврейской общины. Сбор за могилы правление перечисляло в Городскую управу по истечении каждого года, вместе с предоставлением приходных книг. Кроме того, городские власти снабжали кладбище могильщиками, получая за это, сверх сбора за могилы, отдельную плату. Ремонт земляных сооружений, кладбищенского дома, а также все остальные расходы по содержанию кладбища производились за счет еврейской общины.

В 1898 г. вокруг кладбища возведена кирпичная, крытая черепицей стена, установлены мостки, проложены дорожки и выкопаны дренажные канавы. В октябре 1908 г. хозяйственное правление С.-Петербургской хоральной синагоги обратилось в строительное отделение С.-Петербургского губернского правления с ходатайством о постройке на кладбище нового здания для омовения покойников взамен старого, пришедшего в негодность. В декабре 1908 г. утвержден план постройки здания по проекту архитектора Я.Г. Гервица. Строительство завершено 21 августа 1912 г., а 23 сентября 1912 г. состоялось торжественное освящение дома.

В виду нехватки мест для захоронений, в июне 1908 г. хозяйственное правление обратилось в Городскую управу с ходатайством о прирезке к кладбищу свободного участка земли со стороны Караимского кладбища. 29 мая 1909 г. Городская дума постановила прирезать к кладбищу дополнительный земельный участок.

На кладбище расположены могилы известных врачей, писателей, благотворителей и общественных деятелей. В разное время здесь были похоронены известный благотворитель С.С. Поляков, скульптор М.М. Антокольский, основоположник русско-еврейской беллетристики Л.О. Леванды, поэт-гебраист Л.О. Гордон, востоковед и меценат Д.Г. Гинцбург.

На основании декрета СНК от 7 декабря 1918 г. «О кладбищах и похоронах» кладбище поступило в ведение местного Совета депутатов. В 1968 г. закрыто для дальнейших захоронений решением Ленгорисполкома.

Алфавит умерших (1882–1887 гг.) и книга записи погребенных (б/д).