В 1990-е годы трамвайное хозяйство города столкнулось с серьезными проблемами, связанными с происходившими в стране политическими и социально-экономическими изменениями. Уменьшался выпуск вагонов на линию, уменьшалась продолжительность маршрутов и скорость движения трамвайных составов, уменьшалась численность водителей. Стабилизировать ситуацию удалось лишь в 1997 году: пассажиропоток достиг уровня 1995 года, численность работников увеличилась, технический брак в трамвайных парках снизился. Отсутствие финансирования негативно сказалось на ремонте и расширении трамвайной сети. Новые линии создавались за счет перераспределения составов, применялся метод переброски, ряд маршрутов закрывался или укорачивался. Катастрофическая ситуация в городской жизни сказывалась на уменьшающемся с каждым годом выпуске новых вагонов, ремонту подвергались не все запланированные вагоны, поступление новых трамвайных вагонов было крайне мало. 15 июня 1997 приказом по ГП «Горэлектротранс» на трамваях и троллейбусах Петербурга вновь ввели должность кондуктора. Однако несмотря на все трудности, с которыми пришлось столкнуться в это непростое время, в Петербурге разрабатывалась и внедрялась новая техника. В 1993 году Петербургский трамвайно-механический завод организовал строительство четырехосных вагонов серии ЛМ-93 для поставки в другие города страны. Вагон вобрал в себя положительный опыт конструирования и эксплуатации вагонов с цельнометаллическим кузовом ЛМ-68-М и ЛВС-86: были сохранены габаритные размеры по типу вагона ЛМ-68М и конструкция разделенной передней двери по аналогии с вагоном ЛВС-86. В 1994 году был создан и внедрен в эксплуатацию единственный в своем роде путеизмерительный вагон, который автоматически улавливал просадки и искривления пути, ширину колеи и фиксировал их в памяти бортового компьютера. В феврале 1996 года в Петербурге провели семинар-совещание транспортников «Новая техника при строительстве трамвайных путей». С 1997 года начался выпуск новых шестиосных вагонов типа ЛВС-97. В продолжение серийного производства четырехосных вагонов, начиная с 1999 года стали выпускать вагоны типа ЛМ-99, в котором был предусмотрен частично низкий уровень пола с выдвижной аппарелью для людей с ограниченными возможностями. В 2005-2006 годах Петербургский трамвайно-механический завод начал проектирование нового вагона. К разработке его конструкции, поставке комплектующих узлов и механизмов, изготовлению составных частей были привлечены лучшие отечественные и зарубежные организации. В результате такого сотрудничества в 2006 году был построен опытный образец шестиосного трамвайного вагона ЛВС-2005 с асинхронным приводом. Это был первый тип вагона в России, уровень низкого пола которого составил более 60 процентов. На вагоне использовали новые тележки с двухступенчатым рессорным подвешиванием и колесами с подрезиненными бандажами, что позволило значительно снизить уровень шума. В дальнейшем на базе ЛВС-2005 были сконструированы и построены вагоны ЛМ-2008 и ЛВС-2009.

В начале XXI века произошли существенные изменения в трамвайном хозяйстве города. Из центральной части Санкт-Петербурга убрали значительную часть трамвайных путей. В 2001-2004 гг. пути были сняты с улиц Жуковского, Кирочной, Восстания, Ленина, Малого проспекта Васильевского острова, 8-9-й линии Васильевского острова, с Университетской и Ждановской набережных, проспекта Динамо, Пионерской улицы, Спортивной улицы, с части Чкаловского проспекта, Двинской улицы, Лермонтовского и Рижского проспектов, с Греческого проспекта от улицы Некрасова до 2-й Советской. С 1989 по 2006 год порядка 100 километров трамвайных путей было демонтировано. Значительно сократился выпуск вагонов на линию, были упразднены Рождественский и Крестовский трамвайные парки, детские сады и часть общежитий передали с баланса предприятия.