Образован в 1780 году в связи с введением в С.-Петербургской губернии «Учреждений для управления губерний Всероссийской империи» от 7 ноября 1775 г. в качестве судебной инстанции для жителей г. Кронштадта. В его ведении имелись некоторые административные функции, в т.ч.: взимание налогов с недвижимого имущества, ведение списков местных купцов и мещан, разделение ремесел на цехи и некоторые другие.

Апелляционной инстанцией для магистрата до 1796 г. являлся С.-Петербургский губернский магистрат, в 1796–1800 гг. – С.-Петербургская палата суда и расправы. В 1800 году магистраты и ратуши С.-Петербургской губернии перешли в ведение С.-Петербургского городового правления («Ратгауза»). С 1802 года апелляционной инстанцией для магистрата стала С.-Петербургская палата уголовного и гражданского суда.

Ведомство магистрата в качестве суда первой инстанции распространялось на все уголовные и гражданские суда городских обывателей купеческого, мещанского и других податных сословий, а также тяжбы по торговым договорам и обязательствам. При магистрате функционировали сиротский и словесный торговый суды.

Прекратил свое существование на основании «Правила об упразднении магистратов и судебных ратуш», утвержденных 13 апреля 1866 г., в связи с ведением в С.-Петербургской губернии судебной реформы 1864 г. Административные функции магистрата перешли к органам городского общественного управления г. Кронштадта, судебные – в ведение мировых судей и С.-Петербургского окружного суда.

Указы С.-Петербургского губернского правления, губернского магистрата, казенной палаты и палаты уголовного суда, промемории и сообщения Кронштадтской комендантской канцелярии и Кронштадтского духовного правления (1780–1805 гг.); журналы и протоколы заседаний городового магистрата (1780–1800 гг.).

Переписка с С.-Петербургскими губернским правлением, казенной палатой, губернским магистратом и другими учреждениями по административным, финансовым и хозяйственным вопросам, в том числе: об избрании на должности бургомистра, членов магистрата, старост, словесных судей и др. (1780–1809 гг.); о производстве переписи населения (1785–1786 гг.), о причислении разных лиц к городскому купечеству и мещанству и ведомости о населении города (1782–1812 гг.), списки купцов, мещан и цеховых (1794 г.); о рекрутских наборах (1785–1798 гг.); о сдаче на откуп подрядов на строительные работы, осмотре и оценке торговых помещений, отдаваемых в аренду, ревизии казенных соляных магазинов, устройстве ярмарок, падежах скота и т.д. (1781–1799 гг.); о взыскании с городских жителей разных податей, сборов и недоимок; книги и ведомости объявленных купцами капиталов (1783–1810 гг.).

Судебные дела о привлечении к ответственности городских жителей за кражи, оскорбления, должностные злоупотребления, другие уголовные преступления и правонарушения (1785–1796 гг.); о взыскании денег по векселям и долговым обязательствам, нарушении контрактов, разделе имущества, розыске наследников (1779–1802 гг.).

Челобитные и объявления разных лиц о выдаче паспортов, засвидетельствовании купчих, закладных и духовных завещаний (1783–1785 гг.); книги записи челобитных, паспортов, купчих, закладных, доверенностей, контрактов и обязательств (1780–1800 гг.).

Приходо-расходные книги разных пошлин, сборов и штрафов (1782–1799 гг.); приходо-расходные книги на жалование служащим магистрата и канцелярские расходы (1782–1797 гг.).

Докладные реестры, книги регистрации входящих и исходящих документов за 1780–1805 гг.; отчеты и ведомости по делопроизводству магистрата за 1780–1799 гг.