Образован постановлением СНК СССР от 25 января 1941 года на базе Ленинградский автодорожного института под названием Ленинградский авиационный институт, приказом Наркомата авиационной промышленности и Всесоюзного Комитета по делам высшей школы переименован в ЛИАП. В августе 1945 года объединен с Ташкентским авиационным институтом, который был переведен в Ленинград.

В марте 1946 года в связи с образованием Министерств, Ленинградский институт авиаприборостроения перешел в ведение Главного Управления авиационных вузов Министерства авиационной промышленности СССР, где находился до передачи в ведение Министерства Высшего образования СССР в мае 1946 года (Указ Президиума Верховного Совета СССР от 10 апреля 1946 года и Приказ МВО И МАП № 77/306 от 15/22 мая 1946 года.

В июне 1948 года в связи с ликвидацией Главного Управления авиационных вузов Институт был передан в ведение Главного Управления машиностроительных вузов Министерства Высшего образования СССР (Приказ МВО № 681 от 17 мая 1948 года; Приказ ГУМВ и ГУАВ № 123/102 от 01 июня 1948 года).

В соответствии с Законом о преобразовании Министерства СССР от 15 марта 1953 года и, на основании Положения о Министерстве культуры СССР, Ленинградский институт авиационного приборостроения перешел в подчинение Главного Управления высшего образования Министерства культуры СССР (Приказ Министерства культуры № 1558 от 02 сентября 1953 года).

В марте 1954 года в связи с реорганизацией Министерства культуры СССР и передачей вузов в Министерство высшего образования СССР, Ленинградский институт авиационного приборостроения был передан в ведение вновь образованного Главного Управления политехнических и машиностроительных вузов (Приказ министра внешнего образования СССР № 35 от 29 марта 1954 года.

В июне 1959 года в связи с перестройкой руководства высшими и средними специальными учебными заведениями и передачей их из союзного подчинения в ведение Советов Министров союзных республик Ленинградский институт авиаприборостроения был передан в ведение Совета Министров РСФСР (Приказ МВССО СССР № 2 от 29 июня 1959 года).

В августе 1959 года Ленинградский институт авиационного приборостроения был передан в ведение вновь образованного Главного Управления инженерно-технических вузов Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР, которое было организовано Постановлением Совета Министров РСФСР № 1311 от 03 августа 1959 года.

В августе 1964 года в связи с упразднением Главного Управления инженерно-технических вузов, Ленинградский институт авиационного приборостроения был передан в ведение машиностроительных и энергетических вузов Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР (Приказ МВССО № 373-а от 07 августа 1964 года.

Постановлением Государственного Комитета РСФСР по делам науки и высшей школы от 13 февраля 1992 года № 50 высшее учебное заведение «Ленинградский институт авиационного приборостроения» было переименовано в «Санкт-Петербургский институт авиационного приборостроения».

Приказом Министерства науки, высшей школы и технической политики РСФСР от 07 декабря 1992 года № 1119 высшее учебное заведение «Санкт-Петербургский институт авиационного приборостроения» было переименовано в «Санкт-Петербургская государственная академия аэрокосмического приборостроения». (сокращенное наименование – ГААП).

С 1969 года до 1988 года Ленинградский институт авиационного приборостроения (сокращенное наименование – ЛИАП) подчинялся Министерству высшего и среднего специального образования СССР.

С 1988 года до 10 ноября 1991 ЛИАП подчинялся Государственному комитету СССР по народному образованию.

С 11 ноября 1991 года по 28 ноября 1991 года ЛИАП подчинялся Министерству науки и технической политики РСФСР (Указ Президента РСФСР от 11.11.1991 № 193 «О министерстве науки и технической политики РСФСР»).

С 28 ноября 1991 года по 29 января 1992 года ЛИАП подчинялся Министерству науки, высшей школы и технической политики РСФСР (Указ Президента РСФСР от 28.11.1991 № 242 «О реорганизации центральных органов государственного управления РСФСР»).

С 30 января 1992 года до 25 февраля 1993 года ЛИАП подчинялся Комитету по высшей школе Министерства науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации (Указ Президента РФ от 30.01.1991 №103 «О Комитете по высшей школе Министерства науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации»).

С 25 февраля 1993 года до 14 августа 1996 года Санкт-Петербургская государственная академия аэрокосмического приборостроения подчинялась Государственному комитету Российской Федерации по высшему образованию (Закон РФ от 25.02.1993 № 4547-1 «О реорганизации федеральных органов управления высшим образованием»).

С августа 1996 года академия была передана в ведение Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации (образовано в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 14.08.1996 № 1177 «О структуре федеральных органов исполнительной власти»).

В соответствии с приказом Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации от 29 января 1998 года № 243 было изменено наименование Санкт-Петербургская государственная академия аэрокосмического приборостроения на Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения (ГУАП).

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 25.05.1999 № 651 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» было образовано Министерства образования Российской Федерации.

В соответствии с приказом Министерства образования Российской Федерации от 26 апреля 2001 года № 1870 полное наименование высшего учебного заведения «Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения» был изменено на «Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения» (ГУААП).

Структура университета в различные периоды времени менялась, но основные структурные подразделения были следующие:

канцелярия, Ученый совет, учебная часть, научный исследовательский сектор, аспирантура, приемная комиссия, планово-финансовый отдел, отдел кадров, бухгалтерия. К подразделению Учебная часть относятся факультеты и кафедры ГААП.

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 09 марта 2004 года № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти»: упразднено Министерство образования Российской Федерации, образованы Министерство образования и науки Российской Федерации и Федеральное агентство по образованию, установлено подчинение Федерального агентства по образованию Министерству образования и науке Российской Федерации. Таким образом, с 09 марта 2004 года Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения» (ГУАП) подчинен Федеральному агентству по образованию.

Изменения в названии Государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения» и его подчиненности в 2007 году не происходило

Устав (1945), приказы (1945–1968).

Протоколы заседаний ученного совета (с 1945 г.), совещаний деканов (1945), редакционной коллегии (1953–1964).

Учебные планы, отчеты о работе, протоколы заседаний и отчеты кафедр, статистические сведения о численности преподавателей, студентов (с 1945 г.).

Планы и отчеты о научно-исследовательской работе (с 1945 г.); о подготовке аспирантов (с 1948 г.); материалы научно-технических конференций (с 1947 г.); рецензии и отзывы на научно-исследовательские разработки (с 1948 г.); договоры, переписка о сотрудничестве с производством (с 1949 г.); документы (устав, протоколы, отчеты) о деятельности СНО (с 1948 г.); переписка об участии в ВДНХ (1964).

Документы (протоколы, сметы, отчеты, статистические сведения) о работе профкома (1946–1960) и месткома (1961–1968).

Документы месткома (1977–1983).

Протоколы заседаний Ученого совета, кафедр, приказы Министерства образования РФ, приказы по основной деятельности, планы, отчеты, штатные расписания, бухгалтерские балансы (1995–2008).

Личные дела работников (1941–1942, 1945).

Личные дела профессорско-преподавательского состава (1941–1942, 1945).