Учреждена на основании «Грамоты на права и выгоды городам Российской империи» от 21 апреля 1785 года, как исполнительный орган общей городской думы. Шестигласная дума состояла из председателя (городского головы) и шести гласных (по одному гласному от каждой сословной группы), которых выбирала из своего состава общая городская дума.

В 1798 году упразднена. Восстановлена в феврале 1802 г. вместе с общей городской думой.

Надзор за деятельностью думы осуществляли петербургский военный генерал-губернатор (до 1816 года именовался главнокомандующим или военным губернатором) и петербургский гражданский губернатор.

«Положением об общественном управлении города С.-Петербурга» от 13 февраля 1846 года заменена Городской распорядительной думой.

Императорские и сенатские указы (1786–1790; 1803; 1831–1838 гг.), указы С.-Петербургского губернского правления (1788–1789 гг.).

Журналы заседаний шестигласной думы (1788–1797; 1806–1817; 1823–1827 гг.); годовые отчеты думы (1804–1846 гг.); переписка с губернским правлением и другими учреждениям об избрании должностных лиц городского и сословного управления (1792–1798 гг.).

Переписка о передаче городской земли под разные нужды, постройке зданий и городском благоустройстве (1787–1812 гг.); книги записи прошений жителей С.-Петербурга на производство строительных работ (1804–1806; 1822 гг.).

Оценочные ведомости недвижимого имущества по частям города (1820; 1842–1844 гг.); ведомости имущества, переданного городом в аренду (1829 г.).

Смета городских доходов и расходов на 1830 год; отчеты думы о приходе и расходе городских сумм (1839–1840 гг.); окладные и приходо-расходные книги городских сборов и недоимок (1797; 1804–1838 гг.); книги записи поступлений от продажи городской пустопорожней земли (1814; 1825–1829); книги учета выдачи акцизных билетов на право торговли в С.-Петербурге (1827–1835 гг.); отчетные ведомости маклеров и нотариусов о совершении ими актов и взыскании с них городских пошлин (1843–1846 гг.).

Справочные ведомости о ценах на продовольствие, фураж, строительные материалы и другие товары (1842–1844 гг.)

Дела о приписке городских жителей к столичному купечеству, мещанству и ремесленным цехам (1797–1807; 1839–1842 гг.); списки купцов, награжденных медалью за совершенные в 1812 году денежные пожертвования (1817 г.).

Формулярные списки городских чиновников (1833–1845 гг.).

Делопроизводственные описи и алфавиты дел шестигласной думы за 1780–1846 гг., докладные и настольные реестры и регистры за 1781–1839 гг.

Имеется дело о штатах городской думы и об установлении сбора с судов, проходящих по Обводному кан., за 1833–1865 гг.