Открыт высочайшим указом от 18 мая 1885 г. по проекту вел. кн. Елены Павловны, утверждённому 11 июня 1875 г. Являлся учебным заведением для повышения квалификации врачей, ведал организацией практических занятий студентов медицинских факультетов университетов и оказывал медицинскую помощь населению. Находился в Ведомстве учреждений имп. Марии, с 27 июня 1894 г. — Министерства народного просвещения. Передан в ведение Народного комиссариата просвещения на основании декрета СНК от 5 июня 1918 г.

Документы и проекты организации Института (1873–1894 гг.). Уставы Института (1885; 1910–1911 гг.); журналы собраний преподавателей (1886–1917 гг.); попечительного комитета (1885–1917 гг.); годовые отчёты (1897–1917 гг.).

Главные книги (1895; 1903; 1916 гг.); журналы заседаний строительной комиссии Института (1896–1898; 1904–1906 гг.); приходо-расходные ведомости и сметы по постройкам зданий (1892–1894; 1904–1906; 1912–1913 гг.).

Переписка о научно-исследовательской деятельности Института; об учреждении и деятельности отделений и курсов для подготовки врачей, об оснащении Института инструментами и приборами (1891–1914 гг.); отчёты заведующего курсами при Институте для подготовки врачей-эпидемиологов (1910–1912 гг.).

Документы о проведении судебно-медицинских экспертиз (1885–1903 гг.); истории болезней по нервным заболеваниям (1893–1910 гг.); книги и журналы учёта приёма больных (1887–1917 гг.); переписка о заграничных командировках служащих (1910–1914 гг.).

Учебные планы, переписка об открытии и деятельности новых кафедр; о проведении практических занятий для студентов (1897–1917 гг.); протоколы совещаний служащих Института (1917 г.).

Ведомости на выдачу жалованья, пенсий и пособий служащим (1888–1889; 1903–1904; 1910–1912; 1915–1917 гг.); личные дела служащих, в т. ч. Д. О. Отта, Н. В. Склифосовского, Э. Э. Эйхвальда и др. (1885–1930 гг.).