Учреждена в Вильно 1 июля 1833 г. В её состав вошли Главная римско-католическая семинария, существовавшая с 1803 года при Виленском университете, и Отделение для образования клириков армяно-католических вероисповеданий. Высочайшим указом от 23 декабря 1842 г. переведена в С.-Петербург.

В задачи Академии входило высшее духовное образование и подготовка к занятию высших духовных должностей в римско-католической иерархии в России, контроль за деятельностью римско-католических семинарий.

Находилась в ведении Министерства внутренних дел.

Ликвидирована как государственное учреждение на основании декрета СНК от 18 января 1918 г.

Высочайшие указы и манифесты (1836; 1839–1856 гг.), указы Сената (1843; 1847–1849 гг.), распоряжения Департамента духовных дел иностранного исповедания (1859–1874 гг.); послание Папы Римского (1908 г.), указы Римско-католической духовной коллегии (1834–1859; 1870–1890 гг.).

Уставы (1843; 1848–1849; 1884–1885; 1909–1910 гг.); журналы и протоколы заседаний конференции (1840–1872; 1891–1901; 1916 гг.) и правления Академии (1834–1866; 1872–1884; 1890–1909; 1916–1918 гг.); распоряжения, рапорты и отчёты правления (1838–1864;1910–1915 гг.); документы о переводе Академии в С.-Петербург (1842 г.).

Документы о состоянии Академии, о выделении сумм на её содержание; отчёты о приходе и расходе сумм (1835–1917 гг.); инвентарная книга (1911–1912 гг.); переписка о размещении Академии в доме купца Локотникова; о приёме зданий для Академии и её имуществе (1843–1845 гг.); о покупке нового дома на Васильевском острове (1867–1883 гг.); сметы на ремонт зданий Академии (1878–1905 гг.); опись и оценка имущества (1849 г.).

Документы о командировках воспитанников и служащих по России и за границу; об участии служащих в научных конференциях (1843–1917 гг.); о защите диссертаций и утверждении в ученых степенях, диссертации (1831–1918 гг.).

Правила приёма (1838–1840 гг.); учебные программы, расписания занятий, переписка о введении новых курсов (1834–1903 гг.); программы экзаменов, экзаменационные ведомости и книги, журналы отметок; документы об утверждении воспитанников в учёных степенях, диссертации, дипломы, работы воспитанников (1811–1916 гг.); переписка о распределении и деятельности бывших выпускников (1848; 1851–1852; 1871–1873 гг.).

Документы об образовании и деятельности епархиальных семинарий, отчёты правлений семинарий, правила приёма в семинарии, учебные программы (1844–1918 гг.).

Переписка о поведении и проступках воспитанников, об их наказании и исключении (1843–1913 гг.); о служащих, уволенных за проступки и неблагонадёжность» (1846; 1849–1856 гг.).

Книги и ведомости на выдачу служащим Академии и семинарий жалованья, пенсий и пособий (1839–1918 гг.); формулярные списки служащих (1834–1917 гг.); книги и списки служащих (1836–1918 гг.); личные дела служащих (1834–1918 гг.); тексты проповедей (б/д); дневник священника Казимира Дмоховского (1842–1848 гг.).

Списки абитуриентов, воспитанников Академии и семинарий (1839–1918 гг.); личные дела воспитанников (1853–1870; 1901–1914 гг.).

В составе фонда имеются: книга регистрации циркуляров и распоряжений и протоколы ревизии Коллегии церквей Виленской епархии (1719 - 1803гг.); документы об учреждении и деятельности Главной римско-католической семинарии (1803–1833 гг.).