Именным указом от 20 октября 1871 г. «Об устройстве новых городских кладбищ» городскому общественному управлению С.-Петербурга поручалось устройство двух загородных кладбищ по линиям Николаевской и Финляндской железных дорог в связи с переполнением существовавших в С.-Петербурге кладбищ и отсутствием новых мест для захоронения. Для выполнения данной задачи в ноябре 1871 г. при С.-Петербургской общей городской думе образована особая «Комиссия для приведения в исполнение высочайшего повеления по устройству столичных кладбищ» под председательством городского головы. В июне 1872 г. комиссия приобрела участок земли площадью 121 десятина близ ст. Обухово (Александровская) по 10-й версте Николаевской железной дороги, где были начаты работы по устройству нового городского кладбища. По правую сторону от железной дороги разместилось православное кладбище, по левую – иноверческие: лютеранское, католическое, магометанское, еврейское, караимское.

Работы по устройству кладбища и строительству кладбищенской церкви во имя Преображения Господня начаты в августе 1872 г. По названию церкви некрополь получил свое наименование – Преображенское кладбище. Первые захоронения на православном и лютеранском участках совершены в декабре 1872 г., на католическом – в мае 1873 г. На еврейском кладбище регулярные погребения начались с марта 1875 г. Самые ранние сведения о захоронении на караимском кладбище относятся к февралю 1876 г. На участке, отведенном под магометанское кладбище, захоронений не производилось, с 1909 года там отводили места для погребения низших разрядов православных.

Кладбище находилось в ведении городского общественного управления С.-Петербурга. Городское самоуправление несло все расходы, связанные с содержанием и благоустройством кладбища, в городскую казну шел весь доход от похорон, за исключением пожертвований в пользу кладбищенской церкви и части свечного сбора, поступавших в распоряжение С.-Петербургской духовной консистории. В 1872-1873 гг. кладбищем заведовала вышеуказанная комиссия по устройству столичных кладбищ. После избрания в феврале 1873 г. нового состава С.-Петербургской городской думы она была распущена, а в январе 1874 г. кладбище передано в ведение новой исполнительной комиссии «по устройству городских кладбищ и заведованию ими». С 1886 года кладбище находилось в ведении городской исполнительной санитарной комиссии. Общее руководство возлагалось на попечителя, избираемого городской думой из числа членов комиссии. У него в подчинении состояли смотрители кладбища и приемной станции. Смотрители возглавляли соответствующие конторы с персоналом служащих и штатом сторожей и могильщиков.

По договору с управлением Николаевской железной дороги покойных доставляли с Николаевского вокзала специальными погребальными поездами на приемную станцию, откуда они направлялись непосредственно на кладбище для захоронения. Православное кладбище разделялось на 6 отделов, названных по важнейшим церковным праздникам: Преображенский, Рождественский, Крещенский, Успенский, Воскресенский и Вознесенский. Отделы различались по стоимости погребения. С момента своего открытия кладбище стало основным местом захоронения малоимущих слоев населения, умерших обитателей городских больниц и богаделен, а также малолетних питомцев Воспитательного дома (продолжались до 1910 года). Неравномерное распределение захоронений по разрядам приводило к постоянному пересмотру расценок – площадь бесплатных и дешевых разрядов увеличивалась за счет дорогих участков.

В 1887 году на кладбище открыто военное отделение, которое подразделялось на 19 участков, принадлежавших различным (преимущественно гвардейским) воинским частям, а также военно-учебным заведениям. На нем хоронили нижних чинов, умерших по разным причинам во время службы. В 1888 и 1903 гг. оно расширялось.

В 1908 году на кладбище захоранивали в братских могилах умерших во время эпидемии холеры. С 1911 года на Преображенском кладбище прекратились бесплатные захоронения.

В 1915 году на Преображенском православном кладбище устроено Братское кладбище жертв Первой Мировой войны, где хоронили солдат, умерших от ран в госпиталях Петрограда.

Первая деревянная кладбищенская церковь заложена в августе 1872 г. по проекту архитектора П.Ю.Сюзора. Освящена в ноябре того же года во имя Преображения Господня. В 1895 году при воинском отделении заложен храм в честь св. благоверного вел. кн. Александра Невского (освящен в 1896 году); в 1902 году на кладбище заложена третья церковь – во имя Казанской иконы Божией Матери (освящена в 1905 году).

На Преображенском кладбище были тайно погребены казненные 3 апреля 1881 г. на Семеновском плацу народовольцы – участники покушения на Александра II: А.И.Желябов, Н.И.Кибальчич, Т.М.Михайлов, С.Л.Перовская и Н.И.Рысаков. В 1905 году в братской могиле захоронили жертв расстрела рабочей демонстрации 9 января («Кровавое воскресенье»). В начале 1918 года рядом с их могилой устроена вторая братская могила для погибших во время расстрела демонстрации в поддержку Учредительного собрания 5 января 1918 г.

На основании декрета СНК от 7 декабря 1918 г. «О кладбищах и похоронах» Преображенское кладбище поступило в ведение местного совета депутатов. В апреле 1925 г. Ленгубисполком принял решение о переименование Преображенского кладбища в кладбище «Жертв 9 января». Действующее.

Распоряжения комиссии по устройству городских кладбищ по хозяйственной деятельности и рапорты смотрителя Преображенского кладбища об их получении и исполнении (1873–1916 гг.); предписания городской санитарной комиссии для сведения и по текущей деятельности (1888–1889 гг.); переписка смотрителя Преображенского кладбища с исполнительной комиссией по заведыванию городскими кладбищами по административно–хозяйственным вопросам (1884–1889 гг.); переписка смотрителя с городской управой, исполнительной комиссией по заведыванию городскими кладбищами, санитарной комиссией о предоставлении отчетов, о правилах захоронения, о выкупе мест на кладбище, просьбы о захоронении и выдаче справок, о сборе пожертвований (1873–1916 гг.).

Годовые и ежемесячные отчеты в городскую управу о приходе и расходе денежных сумм и числе совершенных погребений; выписки из шнуровых книг о расходе сумм, полученных от городской управы на выдачу жалованья и хозяйственные нужды (1876–1879; 1882; 1885; 1890–1895; 1898–1901; 1903 гг.).

Книги, алфавиты и ежемесячные и ежедневные ведомости о погребенных на Преображенском кладбище (1872–1919 гг.); алфавит купленных на кладбище мест с указанием даты оплаты и совершенных захоронений (187–1902 гг.); ведомости о погребенных на военном отделении Преображенского кладбища нижних чинах; список полков, частей и команд, которым предоставлены участки для погребения на военном отделении кладбища с указанием номеров участков. (1898–1902 гг.); ведомость о воинах, погребенных на Братском военном кладбище (1915–1917 гг.); списки на выдачу жалованья служащим кладбища и расписки в получении денег (1906 г.); журнал регистрации исходящих документов (1901 г.).

Планы отделов лютеранского и православного участков городского Преображенского кладбища (б/д).

Имеются клировые ведомости церкви Преображение Господня (1872–1896; 1898–1918 гг.).