Учрежден под наименованием «Императорский институт экспериментальной медицины» на основании именного указа Сенату от 6 декабря 1890 года на базе «станции для применения разработанного Пастером способа предохранительных против развития водобоязни прививок», учрежденной принцем А.П. Ольденбургским в 1885 году. Институт был создан для всестороннего изучения причин заболеваний, главным образом заразного характера, а также практического применения способов борьбы с ними.

15 апреля 1891 года высочайше утвержден Временный устав и штат института . Институт управлялся директором; научная и практическая деятельность возлагалась на Совет. В составе Института было создано шесть научных отделений: физиологический отдел, биологической химии, патологоанатомическое, общей микробиологии, эпизоотологии, сифилизологии и практическое прививочное отделение. Находился в ведении Министерства внутренних дел. Попечителем являлся принц А.П. Ольденбургский.

В 1917 году переименован в «Институт экспериментальной медицины». Последние сведения о деятельности Института относятся к 1917 году. Перешел в ведение Народного комиссариата просвещения на основании декрета СНК от 8 июня 1918 г.

Временный устав и штатное расписание Института, переписка с Медицинским департаментом об их утверждении (1890–1891 гг.); приказы вышестоящих органов по Институту (1892–1916 гг.).

Циркуляры директора Института (1896–1912 гг.); журналы заседаний Совета (1891–1917 гг.); Хозяйственного комитета Института (1892–1917 гг.); протоколы общих собраний Института, положение об общих собраниях, инструкция Комитету служащих Института (1917–1918 гг.); протоколы заседаний домового комитета Института (1917–1918 гг.).

Отчеты Института и его отделов (1892–1915 гг.); краткий отчет о 25-летней деятельности Института (1915–1916 гг.); обзоры деятельности Института, программа курсов дезинфекций, план прививочного отделения Института (1900 г.); докладные записи о деятельности Института и его отделений (1894–1902 гг.).

Сметы доходов и расходов (1891–1916 гг.); главные книги Института (1891–1917 гг.); документы о постройке нового здания Института, о ремонтных работах, о страховании имущества, чертежи и планы здания Института (1891–1912 гг.).

Переписка по вопросам организации Института, об открытии и деятельности научных отделов и практических отделений, о поставках оборудования, об издании журнала «Архив биологических наук», о работе библиотеки, участии во всероссийских съездах врачей, в международных конференциях и выставках и т.д. (1891–1917 гг.); документы об открытии эпидемических станций, о мерах по предотвращению эпидемий, о госпитализации больных, о прививках, о высылке медицинских препаратов, о проведении анализов и экспертиз и др. (1894–1917 гг.); переписка об эвакуации Института (1917 г.).

Требовательные ведомости на выдачу жалования служащим, личные счета рабочих и служащих (1891–1917 гг.); домовые книги Института по Лопухинской ул., 9 и 12 (1897–1911; 1916 гг.); документы об избрании почетных членов (1891–1911 гг.); переписка по личному составу Института, должностные инструкции, документы о командировках служащих, свидетельства, рапорты, удостоверения и прошения служащих (1891–1917 гг.); книги личного состава Института (1891–1910 гг.); книги приема и увольнения практикантов (1891–1903 гг.); списки служащих, врачей и практикантов Института (1891–1917 гг.).