Устав больницы высочайше утвержден 3 августа 1834 года, открытие больницы состоялось 6 декабря того же года. Больница стала первым в России специальным учреждением для лечения детских болезней.

Содержалась на добровольные пожертвования (позднее к ним добавились государственные дотации). Руководство осуществлялось Комитетом, члены которого избирались из известных представителей дворянства, врачей и купечества. Первым покровителем больницы стал имп. Николай I. В 1840 году больница передана под особое покровительство имп. Александры Федоровны. Заведовала делами Канцелярия по управлению учебными и благотворительными учреждениями. В январе 1854 года Канцелярия упразднена и ее дела переданы в ведомство IV отделения Собственной е.и.в. канцелярии под особое попечение принца П.Г. Ольденбургского . В октябре 1854 года всему управлению IV отделения присвоено название – Ведомство учреждений имп. Марии. В память первого покровителя имп. Николая I и в связи с 25-летием существования в декабре 1859 года больница получила название – Николаевская. В августе 1860 года учреждено Главное управление учреждений имп. Марии, заведование которым было сосредоточено в IV Собственной е.и.в. канцелярии. В 1880 году отделение переименовано в Собственную е.и.в. канцелярию по учреждениям имп. Марии, в ведение которой и находилась больница.

В больницу на бесплатное лечение принимались дети от 3 до 14 лет без сословного различия (позднее открылись платное отделение и амбулатория для приходящих пациентов).

В 1912 году в память 300-летия царствования Дома Романовых больнице присвоено наименование – императорская.

Первоначально больница располагалась в доме у Аларчина моста, с 1841 года в специально приобретенном здании на Большой Подъяческой ул., 32, в 1916 году больница переведена на Аптекарский остров.

В мае 1917 года постановлением Временного правительства больница передана в ведение Министерства государственного призрения. В июле 1918 года, на основании положения СНК, передана в ведение Комиссариата здравоохранения Союза коммун Северной области и переименована в Детскую больницу имени Н.Ф. Филатова.

Циркуляры, распоряжения, приказы Собственной е.и.в. канцелярии по учреждениям императрицы Марии (1880-1916гг.); переписка конторы больницы с надзорными медицинскими и полицейскими учреждениями по административно-хозяйственным вопросам и личному составу служащих (1834-1917 гг.); протоколы заседаний и годовые отчеты Хозяйственного комитета (1834-1916гг.); отчеты о деятельности больницы (1889-1916гг.); сметы, кассовые и приходо-расходные книги (1895-1916гг.); планы, чертежи зданий (1901-1914гг.); приемные книги и истории болезней пациентов (1890-1918гг.); краткий исторический очерк о деятельности больницы (1898г.).

Документы по личному составу медицинского и обслуживающего персонала: прошения о приеме и увольнении от службы, общие, формулярные, послужные и наградные списки, ведомости выплаты жалованья и др. (1834-1920гг.).