Учреждён указом Екатерины II от 15 июля 1786 г. для надзора за лечебными учреждениями, аптеками, деятельностью столичных и уездных врачей и ветеринаров, санитарным состоянием С.-Петербурга и для профилактики заболеваний людей и животных. Физикату также была подчинена медицинская часть по армии и флоту, переданная в 1805 году в ведомство министерств военно-сухопутных и морских сил. Находился в ведомстве Медицинской коллегии, с 1803 года — Министерства внутренних дел. Упразднён на основании высочайше утверждённого мнения Государственного совета от 28 июня 1868 г. об учреждении Врачебного отделения С.-Петербургского губернского правления и С.-Петербургского столичного врачебного управления.

Распоряжения петербургского гражданского губернатора о разрешении врачебной практики (1821–1822 гг.). Отчёты и донесения о результатах обследования больниц, богаделен, винных погребов, мясных и рыбных лавок (1811–1812; 1835 гг.), о результатах прививки оспы детям (1822–1836 гг.), о количестве больных в губернии (1804–1836 гг.), о случаях падежа скота (1798–1836 гг.); документы об открытии аптек, освидетельствовании их состояния (1796–1837 гг.), об отпуске медикаментов и надзоре за ценами на лекарства (1796–1837 гг.); сведения о повивальных бабках и вольнопрактикующих врачах, об обучении крестьянских женщин повивальному искусству (1796–1834 гг.); медико-физические ведомости (1822–1824 гг.); акты судебно-медицинских экспертиз (1816–1868 гг.). Переписка о состоянии медицинских учреждений в С.-Петербурге и губернии, об открытии ортопедического лечебного заведения (1836 г.), о проведении химического исследования местных минеральных вод, о надзоре за продажей лекарств, парфюмерной и косметической продукции (1810–1855 гг.), о медицинском освидетельствовании рекрутов (1816–1817 гг.).

Документы по личному составу, в т. ч. формулярные списки служащих (1806–1836 гг.); документы об участии служащих Физиката в Отечественной войне и оказании помощи пленным французам (1812 г.).