7 ноября 1811 г. из 2-го батальона лейб-гвардии Преображенского полка и частей других полков гвардии и армии сформирован лейб-гвардии Литовский полк. В октябре 1817 г. на основе двух батальонов полка в С.-Петербурге сформирован лейб-гвардии Московский полк, а находившейся к Варшаве 3-й батальон развернут в лейб-гвардии Литовский полк нового формирования.

Церковь во имя Святого Михаила Архангела (Архистратига Михаила) первоначально устроена в 1836 году для лейб-гвардии Литовского полка, переведенного в том же году из Варшавы в С.-Петербург и размещенного в казармах на Выборгской стороне (арх. В.И. Беретти). Церковь в стиле позднего классицизма занимала первый этаж экзерциргауза, построенного по проекту архитектора А.Е. Штауберта. Освящена в ноябре 1836 г.

В 1862 году лейб-гвардии Литовский полк передислоцирован обратно в Варшаву, его казармы занял лейб-гвардии Московский полк, до этого занимавший казармы на Фонтанке. Вместе с казармами Московскому полку перешла церковь Литовского полка. В 1905–1906 гг. на средства казны и добровольные пожертвования по проекту архитектора А.Г. Успенского построена отдельно стоящая каменная полковая церковь в русском стиле с колокольней над входом, рассчитанная на 800 человек. Освящена в ноябре 1906 г. В церкви хранились мундиры августейших шефов полка, на стенах были укреплены бронзовые доски с именами погибших офицеров. В 1916 году на южной стороне устроена усыпальница с 31 склепом для павших в Первую мировую войну офицеров.

Адрес на 1917 год – Большой Сампсониевский пр., 65.

Декретом СНК от 23 января 1918 года «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» церковь лишена прав юридического лица, ее имущество подлежало национализации. В марте 1918 года сделана приходской. Закрыта в 1923 году.

Метрические книги церкви (1840–1854 гг.).