Образован в 1780 году в связи с введением в С.-Петербургской губернии «Учреждений для управления губерний Всероссийской империи» от 7 ноября 1775 г. в качестве судебной инстанции для жителей г. Ямбурга. В его ведении имелись некоторые административные функции, в т.ч.: взимание налогов с недвижимого имущества, ведение списков местных купцов и мещан, разделение ремесел на цехи и некоторые другие.

Апелляционной инстанцией для магистрата до 1796 г. являлся С.-Петербургский губернский магистрат, в 1796–1800 гг. – С.-Петербургская палата суда и расправы. В 1800 году магистраты и ратуши С.-Петербургской губернии перешли в ведение С.-Петербургского городового правления («Ратгауза»). С 1802 года апелляционной инстанцией для магистрата стала С.-Петербургская палата уголовного и гражданского суда.

Ведомство магистрата в качестве суда первой инстанции распространялось на все уголовные и гражданские суда городских обывателей купеческого, мещанского и других податных сословий, а также тяжбы по торговым договорам и обязательствам. При магистрате функционировали сиротский и словесный торговый суды.

Прекратил свое существование на основании «Правила об упразднении магистратов и судебных ратуш», утвержденных 13 апреля 1866 г., в связи с ведением в С.-Петербургской губернии судебной реформы 1864 г. Административные функции магистрата перешли к органам городского общественного управления г. Ямбурга, судебные – в ведение мировых судей и С.-Петербургского окружного суда.

Указы С.-Петербургского губернского правления, казенной палаты уголовной и гражданской палат и губернского магистрата (1781–1799 гг.); журналы и протоколы заседаний магистрата (1780–1800 гг.).

Переписка с С.-Петербургскими губернским правлением, казенной палатой, губернским магистратом и другими учреждениями о причислении разных лиц к городскому купечеству и мещанству и проведении переписи населения; о взыскании с городских жителей разных податей и сборов; о сдаче на откуп городского имущества и по другим вопросам городского управления и хозяйства (1780–1800 гг.).

Судебные дела о привлечении к ответственности и наложении штрафов на городских жителей за различные преступления и правонарушения, о взыскании денег по векселям и долговым обязательствам, утверждении купчих и прав владения (1780–1800 гг.); книги записи прошений, купчих, доверенностей, поручительств и опротестованных векселей (1781–1799 гг.); книги записи паспортов и билетов на жительство (1787–1794 гг.).

Окладные и приходо-расходные книги разных пошлин, сборов и жалования служащим магистрата (1780–1799 гг.).

Прошения и переписка с разными лицами и учреждениями о приеме на службу, отпусках и увольнении канцелярских чиновников магистрата (1780–1786 гг.).

Регистрационные книги, журналы и реестры входящих и исходящих документов за 1780–1799 и 1829 гг.