Таможня получила формальную организацию в 1724 г. после утверждения Морского торгового регламента. Важнейшие её функции состояли в сборе таможенных пошлин и содействии властям в борьбе с контрабандой. С 1719 г. находилась в ведении Коммерц-коллегии. Таможню возглавлял таможенный голова. По именному указу от 10 ноября 1720 г. в таможнях должны были регистрироваться контракты российских купцов с иностранцами о поставках товаров к Петербургскому порту. В соответствие с сенатским указом от 26 августа 1727 г. в таможнях также осуществлялось устное разбирательство по торговым делам. В соответствие с таможенным уставом от 14 декабря 1819 г. таможни ведали пропуском через границу не только товаров, но и лиц.

По сенатским указам с 1740г. и до 1754 гг. С.-Петербургская таможня выполняла функции не только портовой, но и внутренней таможни. Внутренними сборами в портовой таможне ведало особое повытье. По таможенному уставу с 1755 г. в ведении портовой таможни находилась и малая таможня в Кронштадте.

В 1764 г. С.-Петербургская таможня поступила в ведение Главной над таможенными сборами канцелярии , а с 1780г. – С.-Петербургской казенной палаты.

В 1811 г. был создан С.-Петербургский таможенный округ. Управляющий С.-Петербургской таможней являлся одновременно и начальником округа. Ему подчинялись расположенные на территории округа таможенные учреждения и таможенная (позднее пограничная) стража. Сам он находился в подчинении Департамента внешней торговли Министерства финансов (с 1864 г. – Департамент таможенных сборов).

Согласно мнению Государственного совета, утвержденному 20 мая 1869 г. Александром II, учреждалась Петербургская сухопутная таможня, преобразованная из отделения Петербургской портовой таможни.

В 1892 г. из портовой таможни выделилась самостоятельная С.-Петербургская таможня при Финляндской железной дороге.

В июне 1918 г. по декрету СНК «О разграничении прав центральной и местной советских властей по собранию пошлин и о регулировании деятельности местных таможенных учреждений» таможенные учреждения перешли в ведение Народного комиссариата по финансовым делам, а в июле того же года – Народного комиссариата торговли и промышленности.

Деловые письма, счета, расходные ведомости русских и иностранных купцов на рус., нем. и голл. яз. (1755-1809гг.); декларации иностранных купцов с указанием маркировки товаров на тип. бланках, на нем. и голл. яз. (1755-1781гг.); контракт купца [Палма Иоганна Иозефа] с Придворной конторой е.и.в. на поставку хрустальной посуды. с реестром хрустальной посуды и рисунками образцов хрустальных украшений для люстр (1760г.).

Документы компании «Zahn & Comp.» («Zahn & Palm») [на нем. яз.](1766-1790гг.); объявления о ликвидации Компании «Jonn Finch, William Ruffel и Benjamin Wright» под фирмой «Finch,Russel и Со» в Бирмингеме (тип. экз., на англ. яз.) (1783г.).

Книги приказов С.-Петербургской портовой таможни, в т.ч. по личному составу и списки купцов, приказчиков и лиц, имеющих право на ведение таможенных дел (1899-1917гг.).

Имеются: приглашение на погребение неизвестного лица (тип. экз. на нем. яз.) [17?1г.] и газета «Staats und Gelehrte Zeitung des Hamburgischen unpartheyischen Correspondenten»от 19.07.1801г. (тип. экз., фрагменты на нем. яз.).