Учрежден указом Александра II от 23 июля 1877 г. по инициативе видного историка и сенатора Н.В.Калачева. Институт являлся частным учебным заведением. В него принимались только лица, имеющие законченное высшее образование. Срок обучения составлял 2 года. Институт готовил специалистов по археологии и архивоведению. Находился в непосредственном подчинении министра народного просвещения.

С 1882 г. Институт стал получать правительственные субсидии, а по указу от 2 июня 1899 г. он стал государственным учреждением. В 1905 г. Институту было присвоено наименование «Императорский». Помимо учебной, он вел также большую научную работу – заведовал и руководил деятельностью губернских архивных комиссий, для которых являлся объединяющим учреждением; издавал научные труды в регулярно выходящем сборнике; проводил археологическую разведку и раскопки на территории С.-Петербургской и других губерний.

В 1918 г. перешел в ведение Народного комиссариата просвещения. В 1922 г. Институт был преобразован в Археологическое отделение факультета общественных наук Петроградского университета.

Циркуляры и предписания Министерства народного просвещения (1908-1917 гг.). Докладная записка Н.В.Калачева о необходимости создания Главной архивной комиссии и Археологического института (1877 г.); проекты положений об Институте (1877; 1880; 1883; 1897-1899; 1912 гг.) и о его реорганизации (1890; 1895; 1917 гг.).

Протоколы заседаний Совета и правления Института (1878-1897; 1900-1906; 1909-1917 гг.). Годичные акты; отчеты о состоянии Института (1912-1916 гг.). Переписка о переезде Института в новое здание (1892-1895 гг.); о ремонте и постройке зданий Института (1898-1901; 1907; 1916-1917 гг.). Кассовые книги (1877-1895 гг.); бухгалтерские журналы (1896-1916 гг.); приходо-расходные книги и документы (1881-1887; 1891-1898; 1900-1919 гг.).

Проект архивной реформы в России, составленный профессором Д.Я.Самоквасовым и принятый XI Археологическим съездом (1899-1902 гг.); записка директора Института И.Е.Андреевского «О некоторых реформах Археологического института в связи с его заботами о приведении в порядок русских архивов» (1890 г.); правила и инструкции о порядке и способах уничтожения дел в учреждениях; сведения о положении архивов России и мерах по приведению их в порядок (1885-1907 гг.); документы об участии сотрудников института в описании и приведении в порядок архивов различных министерств, учреждений и ведомств (1877; 1887-1892; 1898-1913; 1916 гг.). Записка директора Института Н.В.Покровского товарищу министра внутренних дел П.Н.Дурново об истории возникновения и характере деятельности губернских ученых комиссий (1901 г.); переписка об образовании губернских ученых архивных комиссий и отчеты об их деятельности (1880-1921 гг.); о съезде представителей ученых архивных комиссий для выработки нового положения (1903-1908 гг.). Документы об археологических находках, сделанных в разных местах Российской Империи (1892-1916 гг.); о проведенной Н.К.Рерихом археологической разведке в районе ст.Елизаветино Царскосельского у. и найденных в кургане предметах (1902 г.); докладная записка Н.К.Рериха в Совет Института о необходимости составления археологической карты С.-Петербургской губернии (1899 г.). Переписка об организации всероссийских и областных археологических съездов (1901-1902; 1908-1912 гг.); об участии Института в Славянорусской палеографической выставке (1899 г.); в международных выставках в Венеции (1881 г.) и Лейпциге (1914 г.); в Международном конгрессе историков в Лондоне (1913 г.). Документы о праздновании 25-летнего юбилея Института; приветственные письма и телеграммы (1902-1914 гг.). Переписка об избрании и исключении почетных членов Института; список почетных членов (1909-1910; 1914-1918 гг.).

Переписка о введении факультативных лекций и вечерних бесед для слушателей (1877-1878; 1896-1899 гг.); экзаменационные ведомости слушателей (1892-1917 гг.); документы об археологических и архивных экскурсиях слушателей (1878-1908; 1910-1915 гг.). Протоколы общих собраний служащих и учащихся Института (1903 г.). Проекты устава общества членов С.-Петербургского археологического института (1913 г.); отчеты и журналы кружка членов императорского Археологического института (1913-1914 гг.); переписка об участии служащих в профсоюзе канцелярских служащих Петрограда (1917 г.).

Документы по личному составу служащих, в т.ч. книга выдачи; требовательные ведомости на содержание служащих (1909; 1917 гг.); адресная книга служащих (1914-1916 гг.); списки служащих (1915-1916 гг.). Личные дела служащих, в т.ч. И.Е.Андреевского, Н.И.Веселовского, Н.В.Калачева, А.С.Лаппо-Данилевского, Н.П.Лихачева, И.И.Мещанинова, Н.В.Покровского, С.Ф.Платонова, Д.И.Прозоровского, В.И.Сергеевича и т.д.

Документы по личному составу слушателей, в т.ч. прошения слушателей и вольнослушателей (1885-1917 гг.); списки учащихся (1892-1917 гг.); свидетельства об окончании Института (1917-1918 гг.).

Имеются учебные планы, расписания лекций, списки профессоров и студентов отделения археологии и истории искусств на факультете общественных наук Петроградского университета; переписка об организации лекций для студентов, входящих в студенческую секцию Центрального бюро краеведения (1922-1924 гг.).