В 1932 году создано Управление по проектированию, изысканию и строительству Волго-Балтийского водного пути «Волгобалтстрой» Народного комиссариата водного транспорта.

На основании постановления Совета народных комиссаров от 26 февраля 1937 года было образовано Управление речных путей Северо-Западного бассейна Центрального управления водных путей Наркомречфлота СССР (с 1946 года – Министерства речного флота СССР), которое с 1940 году возглавило строительство Волго-Балтийского канала.

В 1941 году строительство было прервано в связи с войной; в 1947 году – возобновлено,

а в марте 1953 года – законсервировано.

В 1955 году строительство канала было продолжено в соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 20 сентября 1954 года.

В связи с окончанием строительства на основании Приказа Минречфлота РСФСР № 171 от 26 октября 1963 г. Северо-Западное бассейновое управление пути было переименовано в Управление Волго-Балтийского канала Главного Управления водных путей и гидросооружений Министерства речного флота РСФСР и его строительства.

Приказом Министерства речного флота РСФСР № 147 от 03 ноября 1969 года Управление Волго-Балтийского водного канала переименовано в Управление Волго-Балтийского водного пути им. В.И. Ленина.

В состав управления вошли технические участки: Вытегорский, Гвардейский, Невско-Лодожский, Новгородский, Новинковский, Свирский, Череповецкий, Шекснинский.

Структура:

- канцелярия;

- отделы: плановый, труда и заработной платы, технический, гидросооружений и энергетики, кадров и капитального строительства;

- службы: пути и механико-судовая;

- бухгалтерия.

26 декабря 1987 года Управление Волго-Балтийского водного пути им. В.И. Ленина переименовано в Производственное объединение «Волго-Балтийский водный путь им. В.И. Ленина на основании Постановления Совета Министров СССР № 1471 от 26.12.1987 года.

22 мая 1991 года Производственное объединение «Волго-Балтийский водный путь им. В.И. Ленина» переименовано в Государственное предприятие «Волго-Балтийский водный путь им. В.И. Ленина» на основании Приказа Концерна РФ № 18 от 22.05.1991 года.

14 декабря 1995 года Государственное предприятие «Волго-Балтийский водный путь имени В.И. Ленина» преобразовано в Волго-Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации № 12 от 05 января 1995 года.

С октября 1995 года в структуру Управления введено новое подразделение – Государственная бассейновая речная инспекция надзора за пожарной безопасностью судов.

С 01 февраля 1996 года введены новые структурные подразделения – Невский район судоходства, в составе которого Лоцманская служба, Служба капитана рейда, Центральная диспетчерская, Паспортный отдел, Редакция газеты «Вестник Волго-Балта».

01 декабря 1998 года Волго-Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства преобразовано в государственное учреждение «Волго-Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» на основании решения Регистрационной палаты Администрации Санкт-Петербурга № 124948.

В марте 2003 года в структуре Управления выделены новые структурные подразделения – Отдел дипломирования, Служба имущественных отношений и землеустроительных дел.

На основании Распоряжения Минтранса РФ № ВР-48-Р от 03.03.2005 года и в соответствии с Распоряжением № 29 от 4 мая 2005 года Государственное учреждение «Волго-Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» переименовано в Федеральное государственное учреждение «Волго-Балтийское» государственное бассейновое управление водных путей и судоходства».

В соответствии с Федеральным законом от 09 февраля 2007 года № 16-ФЗ «О транспортной безопасности» с 01 сентября 2011 года в штатное расписание Управления введено новое структурное подразделение – Отдел транспортной безопасности, который преобразован в Службу транспортной безопасности с 01.11.2012 года.

13 марта 2013 года Федеральное государственное учреждение «Волго-Балтийское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» переименовано в Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Волго-Балтийского бассейна внутренних водных путей» в соответствии с распоряжением Минтранса РФ от 20.02.2013 № АД-53-Р.

В связи с вступлением в силу Федерального закона от 23 апреля 2012 года № 36-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части определения понятия маломерного судна» и Федерального закона от 28.07.2012 № 131-ФЗ раздел 3 «Цели и виды деятельности управления» Устав предприятия дополнен подпунктом «проведение государственной регистрации судов в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации» и «государственный портовый контроль».

В штат введены новые структурные подразделения – Служба регистрации судов и Инспекция государственного портового контроля.

С 01 февраля 2014 года Служба материально-технического снабжения преобразована в Контрактную службу, в состав которой входят три отдела: Автотранспортный, Контрактный и Отдел материально-технического снабжения.

Приказы вышестоящих организаций; решения коллегии МРФ; протоколы совещаний при начальнике Главводпути; приказы и распоряжения; протоколы постоянных совещаний при начальнике управления; переписка о строителстве канала и подготовке к его освоению.

Протоколы производственно-технического совета управления и участков; планы по основной и промышленной деятельности, капитальным вложениям, ремонте флота, эксплуатационной деятельности путевого хозяйства и новой техники; финансовые планы; титульные списки капитальных работ; отчеты по основной деятельности и технические отчеты управления и участков; планы и отчеты о развитии и внедрении новой техники; отчеты по рационализации и изобретательству.

Отчеты и анализы работы шлюзов; акты инспекторских осмотров состояния пути и гидросооружений; документы о строительстве и эксплуатации гидросооружений, благоустройстве Волго-Балтийского канала; переписка о производстве дноглубительных, изыскательных и проектных работ.

Планы и переписка по модернизации и капитальному ремонту флота; материалы по докованию флота.

Планы и отчеты по труду; отчеты управления и участков по кадрам; статотчеты по труду и заработной плате, о численности и составе кадров; отчетные доклады по охране труда; справки о работе с кадрами. Документы по соцсоревнованию; коллективные договора.