В первом десятилетии XXI века произошли изменения в юридическом статусе архивной отрасли Северной столицы. В 2001 г. Архивное управление Санкт-Петербурга и Ленинградской области стало комитетом, а в 2008 г. закончилось его двойное подчинение двум разным субъектам Российской Федерации — городу и области. Был создан Архивный комитет Санкт-Петербурга, в ведение которого вошли семь государственных архивов, Лаборатория обеспечения сохранности документов, Техническая дирекция и Централизованная бухгалтерия, получившие еще в 2007 г. статус юридических лиц.

24 февраля 2009 г. Губернатор города подписал Закон № 23-2 «Об архивном деле в Санкт-Петербурге». Шесть глав этого документа определяли отношения в сфере организации хранения, комплектования, учета и использования документов Архивного фонда Санкт-Петербурга. Важно, что закон предусматривал передачу документов органов местного самоуправления в государственную собственность и тем самым обеспечивал их сохранность.

Характерной чертой развития архивной системы города стало интенсивное внедрение новых информационных технологий в деятельность архивов. В 2008 г. было положено начало созданию Государственной информационной системы «Архивы Санкт-Петербурга» и создана первая версия портала «Архивы Санкт-Петербурга». Огромное значение имело издание путеводителей по всем государственным архивам города и завершение перевода описей ЦГИА СПб в электронный формат.