Несмотря на огромные сложности, значительное сокращение числа сотрудников (многие ушли на фронт, а с декабря 1941 г. по июль 1942 г. умерло от голода и лишений 22 архивиста), участие в мероприятиях по очистке города, оборонных и сельскохозяйственных работах, архивы продолжали работать по основным направлениям своей деятельности.

В 1943 г. активизировалось тематическое выявление документов: были составлены перечни и обзоры о машиностроительных заводах и водопроводном хозяйстве города, строительстве железных дорог, залежах торфа и его добычи, торговых связях с США, о гидрографии рек в районах будущих наступательных операций Советской армии, о борьбе с детской беспризорностью. ГАОРСС ЛО принимал документы отдельных ликвидированных организаций. Исполнялись запросы граждан биографического характера. Проводилась работа с ведомствами — сотрудники архивов участвовали в заседаниях их экспертных комиссий, выезжали на обследования учреждений, давали необходимые консультации.

В 1943-1944 гг. развернулась масштабная работа по сбору трофейных материалов и документов по истории Великой Отечественной войны, в том числе о потерях, которые понес город.

Многие архивисты были награждены медалью «За оборону Ленинграда», а начальник Архивного отдела З.З.Михайлович — орденом «Знак Почета».