Начало Великой Отечественной войны резко изменило характер деятельности Ленинградского Совета депутатов трудящихся. Сессии перестали проводиться. Первая после долгого перерыва состоялась лишь в мае 1944 г., вторая — в феврале 1945 г. Постоянные комиссии также свернули свою работу.

Реально функционировал только исполком. Но и практика его деятельности претерпела значительные изменения. Для большей оперативности решения принимались опросом (заочным голосованием, когда проект решения проходил через руки членов руководящего органа, и каждый из них оставлял под ним подпись), либо в узком составе — через образованную 2 июля 1941 г. комиссию по решению текущих хозяйственных вопросов.

Первое после начала войны заседание исполкома состоялось 2 июля 1941 г., а следующее — 3 ноября того же года. Прекратилось оформление протоколов, т. е. документов, в которых собирались окончательные тексты принятых решений. Секретные решения принимались на суженных заседаниях. За сентябрь 1941 г. — декабрь 1942 г. исполком принял около 3200 решений, в среднем по шесть в день.

Депутатский корпус понес большие потери. Многие депутаты ушли на фронт или эвакуировались в тыл вместе с предприятиями и учреждениями, где они работали. К лету 1943 г. в городе осталось только 335 членов Ленгорсовета.

С первых же дней войны в центре внимания исполкома были вопросы эвакуации. В течение лета 1941 г. принимались решения о мобилизации ленинградцев на оборонные работы и на строительство фортификационных сооружений на подступах к городу.

С началом блокады на первый план вышли проблемы снабжения населения продовольствием и топливом. Решениями исполкома «в советском порядке» оформлялись постановления Военного совета Ленинградского фронта об установлении норм и контингентов снабжения продовольствием по карточкам.

Внимание советских органов власти было направлено на восстановление и поддержание, хотя бы на самом минимальном уровне, социальной инфраструктуры города. П. С. Попков говорил 3 ноября 1941 г.: «...Оборона Ленинграда не заключается только в том, чтобы взять винтовку и идти воевать, на это у нас сейчас народу достаточно, надо обеспечить промышленность и гражданское население — это все оборонные мероприятия, которые должны выполняться... хорошо».

Секретарь Ленинградского городского комитета ВКП(б) А. А. Кузнецов в своем единственном выступлении на исполкоме отметил, что А. А. Жданов на одном из совещаний советских и партийных работников потребовал уделять вопросам быта как минимум 90% своего рабочего времени.

Само понятие «бытовое обслуживание» приобрело иное, чем в мирное время, значение. В тяжелейшие дни первой блокадной зимы исполком решал вопросы очистки улиц ото льда, снега и трупов, отогрева замерзших труб водопровода, восстановления канализации, пуска остановленных котельных, налаживания теплоснабжения и т. д. Большое внимание уделялось возобновлению работы бань и прачечных как главного способа предотвращения эпидемий.

За традиционными, внешне мирными заголовками решений встает трагедия мегаполиса, чья инфраструктура систематически и безжалостно разрушалась противником, а в результате осадного положения и, прежде всего, вызванного им голода, возможности восстановления были крайне ограничены.

Необходимо было изыскать внутренние источники продовольственных ресурсов. Поэтому с весны 1942 г. значительное место в работе исполкома заняли вопросы сельского хозяйства, которыми до войны городская власть не занималась: выделение участков, инвентаря и посевного материала огородникам, учреждение подсобных хозяйств, организация вспашки земли и заготовки удобрений, ремонт техники и многое другое. Самое пристальное внимание исполком уделял созданию запасов продовольствия из нового урожая овощей. С 3 марта до 29 сентября 1942 г. состоялось шесть заседаний, на которых обсуждался процесс сельскохозяйственного производства.

Принималось много решений, направленных на сохранение жилой площади и коммунального хозяйства: о работе местной противовоздушной обороны, консервации зданий и сооружений, восстановлении сетей энерго- и водоснабжения, поврежденных артиллерийскими и авиационными ударами противника.

С начала 1944 г., после освобождения города от фашистской блокады, исполком в большей мере стал заниматься восстановлением жилых зданий и инфраструктуры коммунального хозяйства. С началом массового награждения медалью «За оборону Ленинграда» в июне 1943 г. исполкому передали полномочия по награждению от имени Президиума Верховного Совета СССР. На исполком же была возложена техническая работа по вручению ее награждаемым.

В 1944 году исполком стал представлять к награждению учрежденной тогда же «Медалью материнства» и орденом «Материнская слава». Для ведения учета награждаемых в аппарате исполкома в декабре 1944 г. была образована наградная группа.

В марте 1946 г. на место П. С. Попкова был назначен Петр Георгиевич Лазутин. Вместе с Попковым он был снят с должности и репрессирован по «Ленинградскому делу». Молниеносность и внезапность, с которой он был снят с должности, показывает протокол последнего заседания исполкома под его руководством, под которым он даже не успел поставить свою подпись.